使用 CMake 为 Python 3 构建 SimpleITK

Question

我想从源代码构建 SimpleITK 并为 Python 3.4（在 Ubuntu 14.04 上）安装它。

我关注了SimpleITK's build instructions，即

git clone http://itk.org/SimpleITK.git
mkdir SimpleITK-build
cd SimpleITK-build
cmake ../SimpleITK/SuperBuild

而且效果很好。我能够使用sudo python setup.py install 为 Python 2.7 安装 SimpleITK。然后我尝试使用 sudo python3.4 setup.py install 为 Python 3.4 安装它，虽然它似乎安装正确，但当我尝试在 Python 3 中导入 SimpleITK 时，我得到了：

...    
    File "/usr/lib/python3.4/imp.py", line 243, in load_module
        return load_dynamic(name, filename, file)
ImportError: dynamic module does not define init function (PyInit__SimpleITK)

在上面的构建说明中，它说：

验证和/或更正高级 cmake 变量以适应语言特定的可执行文件、库和包含目录。例如，如果您有多个 Python 安装，请确保所有相关的 Python 变量都引用相同的版本。

我没有这样做，我怀疑这就是它只适用于 Python 2.7 的原因。如何更正“高级 cmake 变量”？

Answer 1

这是我在 Linux 上使用的所有步骤（构建 Yiuin 的答案和 official docs）。

获取 SimpleITK 源代码

cd ~
git clone --recursive http://itk.org/SimpleITK.git

设置最新的稳定版本

cd ~/SimpleITK
git tag

寻找最新的稳定版本（对我来说是“v0.8.0”）并通过以下方式检查它

git checkout v0.8.0

不要担心有关“分离的 HEAD”的警告。

构建 SimpleITK

cd ~
mkdir SimpleITK-build
cd SimpleITK-build

这里我使用了 CMake GUI（在 Ubuntu 上，使用 sudo apt-get install cmake-qt-gui 获取），

cmake-gui ../SimpleITK/SuperBuild/

这将打开一个 GUI，您可以从中编辑 cmake 变量。单击按钮Configure 并在弹出的对话框中点击Finish，然后启用Advanced。更改所有相关的 Python 变量：

（我不确定为什么某些路径的末尾有“m”，但您可以阅读更多关于它的信息here）

如果您想关闭 Java 或任何其他语言，请向下滚动并禁用 WRAP_JAVA。再次点击Configure（不确定是否有必要），然后点击Generate。关闭 CMake GUI，返回终端并输入

make

这至少需要一个小时。

现在将此行添加到您的 .bashrc 文件中

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/SimpleITK-build/lib

在 Python 上安装

我使用checkinstall干净地管理安装，

cd ~
sudo checkinstall --pkgname python3-simpleitk  python3.4 \
~/SimpleITK-build/SimpleITK-build/Wrapping/PythonPackage/setup.py install

Answer 2

我会首先检查最新的标记版本，如果您不在标记的分支上，那么在任何给定时间都很难知道 repo 中发生了什么。使用 git 标签查​​看哪些可用，然后执行：

git checkout v0.8.0

要优化正确的cersion，您可能应该使用ccmake 而不是cmake。然后配置（c）两次，然后生成（g）。如果你不打算使用 java、tcl 和 R，你可以禁用它们。检查您的 python 库和包含是否匹配 python 3.4（PYTHON_INCLUDE_DIR、PYTHON_LIBRARY、PYTHON_EXECUTABLE，使用“t”查看高级选项）。