从果蝇基因符号到人类基因符号的 ID 转换

【问题标题】：ID conversion from Drosophila Gene Symbols to Human Gene Symbols从果蝇基因符号到人类基因符号的 ID 转换
【发布时间】：2021-01-23 00:08:34
【问题描述】：

我正在寻找一种 R 解决方案（或通用逻辑解决方案）将黑腹果蝇基因 ID 转换为智人基因 ID。由于 BiomaRt 数据集不断变化的性质，以及它对互联网连接和服务器状态的依赖，使用 R/BiomaRt 是有问题的。

基因 id 是 FlyBase 格式，但我也有人类友好的基因符号，例如

FBgn0259938 cwo
FBgn0036285 toe
FBgn0264490 Eip93F
FBgn0034903 sona

有什么想法吗？谢谢！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我认为您可以使用 FlyBase Orthologs 表，该表会定期更新，并且每个 Ortholog 都有 DIOPT 分数：ftp://ftp.flybase.net/releases/current/precomputed_files/orthologs/dmel_human_orthologs_disease_fb_2020_06.tsv.gz

【讨论】：