Python 库参考/使用

Question

我正在尝试使用 BioPython 包中的一种方法来计算给定肽列表的等电点。可以在此处查看班级细分：

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParam.ProteinAnalysis-class.html#isoelectric_point

为了将这个类导入我的环境，我使用了以下代码（我这样做对吗？）：

from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis

然后，为了调用该方法，我执行以下操作：

window_aas = "ditkdteneveadveveadveveadvseql";
ProteinAnalysis.isoelectric_point(window_aas);

但是，我收到以下错误，我不确定如何解释它，尽管多次搜索类似的错误：

文件 "C:\Users\----\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\lib\site-packages\Bio\SeqUtils\ProtParam.py", 第 68 行，在 count_amino_acids 中 如果 self.amino_acids_content 为 None: AttributeError: 'str' object has no attribute 'amino_acids_content'

有人可以在这里指导我正确的方向吗？这个其他类也称为 IsoElectricpoint，但我没有看到其中可以使用的方法：

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.IsoelectricPoint-module.html

Answer 1

ProteinAnalysis 是一个类。您在代码中所做的是尝试直接调用该类中的方法。在 Python 中，此类函数的第一个参数是类对象，但您传入的是字符串 (window_aas)。这个api的正确使用方法是先创建一个类对象：

protein_analysis = ProteinAnalysis(window_aas)

然后你就可以打电话了

protein_analysis.isoelectric_point()

您可以在online docs 中详细了解这一切的工作原理。

Answer 2

貌似isoelectric_point是一个实例方法，所以需要先创建一个实例：

analysis = ProteinAnalysis(window_aas)
analysis.isoelectric_point()