如何将 qblast XML 输出转换为 NCBI BLAST -outfmt 17？答案

【问题标题】：How can I convert the qblast XML output into the NCBI BLAST -outfmt 17?如何将 qblast XML 输出转换为 NCBI BLAST -outfmt 17？
【发布时间】：2016-08-11 23:59:30
【问题描述】：

我从 NCBI 独立 BLAST 开始我的项目，并使用了 -outfmt 17 选项。出于我的目的，格式化非常有帮助。但是，我不得不更改为 Biopython，我现在使用 qblast 将我的序列与 NCBI NT 数据库对齐。我可以将 qblast XML 保存/转换为与 NCBI BLAST 独立 -outfmt 17 格式相当的格式吗？

非常感谢您的帮助！

干杯，菲利普

【问题讨论】：

标签： format biopython blast

【解决方案1】：

我假设您的意思是 -outfmt 7，并且您需要一个带有列的输出。

from Bio.Blast import NCBIWWW, NCBIXML

# This is the BLASTN query which returns an XML handler in a StringIO
r = NCBIWWW.qblast(
    "blastn",
    "nr",
    "ACGGGGTCTCGAAAAAAGGAGAATGGGATGAGAAGGATATATGGGTAGTGTCATTTTTTAACTTGCAGAT" +
    "TTCATCCTAGTCTTCCAGTTATCGTTTCCTAGCACTCCATGTTCCCAAGATAGTGTCACCACCCCAAGGA" +
    "CTCTCTCTCATTTTCTTTGCCTGGGCCCTCTTTCTACTGAGGAGTCGTGGCCTTCCATCAGTAGAAGCCG",
    expect=1E-5)

# Now we read that XML extracting the info

for record in NCBIXML.parse(r):
    for alignment in record.alignments:
        for hsp in alignment.hsps:
            cols = "{}\t" * 10
            print(cols.format(hsp.positives / hsp.align_length,
                              hsp.align_length,
                              hsp.align_length - hsp.positives,
                              hsp.gaps,
                              hsp.query_start,
                              hsp.query_end,
                              hsp.sbjct_start,
                              hsp.sbjct_end,
                              hsp.expect,
                              hsp.score))

输出类似：

1   210 0   0   1   210 89250   89459   8.73028e-102    420.0   
0   206 19  2   5   210 46259   46462   5.16461e-73 314.0   
1   210 0   0   1   210 68822   69031   8.73028e-102    420.0   
0   206 19  2   5   210 25825   26028   5.16461e-73 314.0   
1   210 0   0   1   210 65887   66096   8.73028e-102    420.0   
...

【讨论】：

其实我的意思是 -outfmt 17 :) 但无论如何你的回答非常有帮助。我将尝试为我的需要编写一个解析器。我是编码新手，所以可能需要一段时间，但希望它会起作用。谢谢！
我的 BLAST 在 11 之前只有 outfmt，如果您提供输出示例，我会更新我的答案。如果您认为我的回答对您的问题有效，您应该接受它。
我不知道为什么，但我还有一些 outfmt 选项。以下是 outfmt 17 输出的样子： KC262216.1 0 Query_1 1 255 8199H713M10H * 0 0 * * AS:i:713 EV:f:0 NM:i:0 PI:f:100.00 BS:f:1317.78 无论如何我修改了上面的代码，将数据转换为我可以使用的格式。这不是 outfmt 17，而是在我的数据处理中更进一步。再次感谢您的帮助