使用 R 从 RNAseq 结果摘要文件中提取多个基因集的数据答案

【问题标题】：Extract data of several gene sets from an RNAseq result summary file using R使用 R 从 RNAseq 结果摘要文件中提取多个基因集的数据
【发布时间】：2020-06-13 01:17:10
【问题描述】：

我正在尝试从 RNAseq 结果摘要文件中提取多个基因集的数据：

基因列表示例：

我正在使用 Excel 首先突出显示重复的基因，对摘要文件进行排序，然后复制我需要的数据。这很耗时，而且 Excel 在排序时总是“冻结”，尤其是对于大基因列表。

我想知道 R 是否可以做得更好。如果 R 可以成为更好的解决方案，有人可以提供代码吗？

【问题讨论】：

您的问题太宽泛，无法回答，但通常您会希望将数据加载到 data.frames 中，这样您就可以访问大量的基础 R、tidyverse 和/或数据.table 函数来完成你想要的。

标签： r subset rna-seq

【解决方案1】：

我想我得到了解决方案，尽管我仍然需要一一处理这些列表。无论如何，它比 Excel 快。 :)

# read the RNAseq result summary file
result <- read_excel("RNAseq_Result.xlsx")

# read the gene lists file
geneset <- read_excel("Gene set list.xlsx")

# read one specific list from the gene lists file
ListA <- geneset$ListA

#subsetting
ResultListA <- result[(result$Gene_name) %in% ListA, ]

#output file
write.csv(ResultListA, 'ResultListA.csv')

【讨论】：