调用输入文件不起作用答案

【问题标题】：Call an input file doesn't work调用输入文件不起作用
【发布时间】：2012-06-15 14:49:15
【问题描述】：

我正在使用来自 bioconductor 的 Gviz 库。我输入了一个制表符分隔文件，其中包含我需要在我的染色体表意文字上绘制的 CNV 位置。

我的输入文件由 dat 定义，有 4 列

[1] 染色体
[2]开始
[3]结束
[4] 宽度（可以是“+”或“-”，具体取决于拷贝数的方向）

所以我这样做了：

library(IRanges)
libraray(Gviz)
gen <- "mm9"
chr <- "chr1"

itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()

dat <- read.delim("C:/R/1ips_chr1.txt", header = FALSE, sep ="\t")
s <- dat[2]
e <- dat[3]
l <- dat[4]

当我调用文件 dat 时它显示一条错误消息：

atrack1 <- AnnotationTrack( start = s, width = l , chromosome = chr, genome = gen, name =  "Sample1")
Error : function (classes, fdef, mtable)  : unable to find an inherited method for function ".buildRange", for signature "NULL", "data.frame", "NULL", "data.frame"

显然我调用输入文件（在 dat 中）的方式不满足 R .. 请有人帮助我:)

【问题讨论】：

标签： file r input bioconductor

【解决方案1】：

来自Gviz 包的reference manual（我不熟悉），AnnotationTrack 函数中的参数start 和width 需要是整数向量。当您使用单个方括号[ 对dat 进行子集化时，生成的对象是data.frame（有关此内容的更多信息，请参见?`[.data.frame`）。试试吧

s <- dat[[2]]
e <- dat[[3]]
l <- dat[[4]]

获取整数向量。

【讨论】：