带 IRange 的负值

Question

我正在使用 Bioconductor 的 Gviz 库，我正在尝试绘制从技术上从左到右绘制的表意文字，但我们的数据有一些负宽度表明该图应该来自右到左。 如何使用 IRanges 为宽度输入负值？

这是我们正在使用的代码：

library(Gviz)
library(IRanges)
gen <- "mm9"
chr <- "chr1"

itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()

dat <- read.delim("C:/R/mydata.TXT", header = FALSE, sep ="\t")
s <- dat[[2]]
e <- dat[[3]]
l <- dat[[4]]

annot1 = IRanges(start = s, width = l)
Error.Call2("solve_user_SEW0", start, end, width, PACKAGE = "IRanges") : 
solving row 1: negative widths are not allowed

# Those logical following commands work well if no negative integer is passed to IRanges
atrack <- AnnotationTrack (annot1, chromosome = chr, genome = gen, name = "foo") 
plotTracks (list(itrack, gtrack, atrack))

谢谢:)))))

Answer 1

就像错误消息所说，IRanges 不能有负宽度——“开始”总是在最左边。也许使用带有strand="-" 的GRanges 对象？