R ExpressionSet过滤器NA值

Question

我想在 R 中创建以下 ExpressionSet：

dataDirectory <- system.file("extdata", package = "Biobase")
exprsFile <- "path to expression data.txt"
exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1, as.is = TRUE))

pDataFile <- "path to phenotype data.txt"
pData <- read.table(pDataFile, row.names=1, header=TRUE, sep="\t")
phenoData <- new("AnnotatedDataFrame",data=pData)

现在从 expr 中删除那些 NA 值超过 80% 的列

exprs <- exprs[,colSums(is.na(exprs)) < 0.8]

在执行以下代码并构建 ExpressionSet 之前，我必须删除 phenoData (=samples) 中与 exprs 中上述已删除列匹配的所有行。我怎样才能做到这一点？

exampleSet <- ExpressionSet(assayData=exprs, phenoData=phenoData)
exampleSet

Answer 1

构建 ExpressionSet（不过滤）

exampleSet <- ExpressionSet(assayData=exprs, phenoData=phenoData)

然后是子集，使用exprs() 函数来处理表达式值的基础矩阵：

exampleSet[, colSums(is.na(exprs(exampleSet))) < 0.8]

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