尝试使用 Gviz 的 IdeogramTrack 时出现内部服务器错误答案

【问题标题】：Getting Internal Server Error when trying to use Gviz's IdeogramTrack尝试使用 Gviz 的 IdeogramTrack 时出现内部服务器错误
【发布时间】：2017-02-13 06:03:27
【问题描述】：

我在Bioconductor 的支持页面上发布了这个，但没有任何答案，因此在这里尝试。

我正在使用我机构集群中 R/Biocondutor 包 Gviz 的 IdeogramTrack 函数：

IdeogramTrack(genome="mm10",chromosome="chr1")

当我从主节点尝试此操作时，它工作正常，但当我从集群中通过主节点 IO 的任何其他节点尝试此操作时，它挂起，最终我收到错误消息：

错误：内部服务器错误

我可以通过这些节点访问enter link description here或任何其他UCSC镜像（使用traceroute http://genome.ucsc.edu），并且可以成功地从Ensembl等其他存储库下载数据（例如，使用getBM）。

知道有什么问题吗？

顺便说一句，知道IdeogramTrack 尝试使用哪个端口吗？

【问题讨论】：

标签： r bioconductor

【解决方案1】：

听起来您机构的集群通过Gviz 从 UCSC 获取注释数据时出现问题。我的一个建议是看看你是否可以从 UCSC 手动下载 mm9 注释； here is a good place to start, by chromosome。或者，您可以使用 Bioconductor 注释包，例如 this。

当您的 data.frame 包含染色体和染色体信息（例如 mapInfo）时，您可以利用 GenomicRanges::makeGRangesFromDataFrame 将 mm9 注释转换为 Granges 对象，这样您就可以创建自己的 IdeogramTrack目的。有关如何制作自定义IdeogramTrack 的详细信息可以找到here。

一般来说，工作流程如下：

library(GenomicRanges)
library(Gviz)

mm9_annot <- read.table(<file or url with annotation>)
mm9_granges <- makeGRangesFromDataFrame(mm9_annot)

# Alternatively, you may use rtracklayer package
# mm9_granges <- rtracklayer::import(<file or url with annotation>)

my_ideo <- IdeogramTrack(genome="mm9_custom", bands=mm9_granges)

希望这会有所帮助。

【讨论】：