热图二进制数据

Question

我有一个如下所示的 data.frame：

Variable    Column1    Column2       
 a            1          1         
 b            0          1        
 c            1          1        
 d            0          0           
...         .....      .....  

我想对 data.frame 进行热图，以便组合 1:1 具有颜色，例如“黑色”，组合 1:0（和 0:1）颜色“红色”和组合 0:0颜色“绿色”。在全球范围内，data.frame 有大约 1500 行。 此外，我想保持热图中的位置，因为变量 a 不应该与变量 c 聚类。

谁能帮帮我？

Answer 1

Base R 有一个热图函数，称为heatmap。您可以运行 help(heatmap) 以获取详细信息。

您可以对二进制数据进行热图...假设您有足够的列使其值得。诀窍是在函数调用中包含scale="none"。这将确保您的地图仅使用两种颜色 - 一种用于 1，一种用于 0。默认使用的颜色范围使热图具有模糊效果。这可能不是你想要的。

热图中还有其他参数可以让您以不同的方式对案例和变量进行排序。