GenomicFeatures 软件包安装问题答案

【问题标题】：GenomicFeatures Package Installation TroubleGenomicFeatures 软件包安装问题
【发布时间】：2012-06-11 04:09:07
【问题描述】：

很抱歉这么快就回来回答一个简单的安装问题，但我无法自己解决这个问题，这严重影响了我的工作效率。无论如何，我尝试按照 BC 网站的建议安装 GenomicFeatures。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("GenomicFeatures")

我收到以下错误消息（除了几条警告消息）

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’

所以我猜是依赖项有问题，但它们会在 GF 之前自动安装似乎很奇怪。我使用的是 2.15.0 版。关于问题可能是什么的任何线索？我很乐意根据需要提供更多信息。谢谢。

【问题讨论】：

依赖项应该在打包之前自动安装。似乎您在使用 RCurl 和 XML 时遇到了问题。尝试将它们与 CRAN 分开安装。 install.packages(RCurl) 等。我成功安装了GF，因为我有这些依赖项。
另外，如果您按照我上面的建议后仍有问题，请编辑您的问题并添加sessionInfo() 的结果。
您需要安装操作系统库 libcurl 和 libxml。精确的规格取决于您的操作系统；对我来说sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev 和 libxml2-dev。安装这些后，biocLite 或 install.packages 将同样有效。
@MartinMorgan 您应该将其发布为答案。

标签： r bioconductor

【解决方案1】：

Martin Morgan 有一个我认为适用于 cmets 的解决方案。我会稍微详细说明一下。

错误消息告诉您需要安装 RCurl 和 XML 包。这两个包都要求您的系统上有某些开发包。您似乎正在运行 Linux。如果您使用的是基于 Debian 的系统（Debian、Ubuntu、Mint...），那么要安装 RCurl，您需要安装 libcurl4-openssl-dev，而要安装 XML，您需要安装 libxml2-dev。您可以通过在命令行上键入相对轻松地完成此操作

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

这应该安装所需的包和任何依赖项。然后你应该能够从 R 中安装 RCurl 和 XML 包。

install.packages("RCurl")
install.packages("XML")

此时您已具备所需的依赖项，并且应该能够从 Bioconductor 安装 GenomicFeatures。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GenomicFeatures")

对于使用 Windows 的用户，请注意 - 获取 RCurl 和 XML 并不一定容易，但是，Brian Ripley 博士在his website 提供了这些包的二进制文件，您可以从那里很容易地下载它们。最初，当我看到 RCurl 和 XML 存在问题时，我认为它一定是 windows 用户，直到我查看实际错误并意识到它是 Linux 用户。

【讨论】：