Geopandas 和 Google Colab 问题：空间索引需要 `rtree` 或 `pygeos`答案

【问题标题】：Geopandas and Google Colab issue: Spatial indexes require either `rtree` or `pygeos`Geopandas 和 Google Colab 问题：空间索引需要 `rtree` 或 `pygeos`
【发布时间】：2021-12-08 05:17:57
【问题描述】：

我正在尝试使用 Google Colab 上的 gdf.overlay 函数与 2 GeoDataFrame 进行交集。请看下面的代码

!sudo apt install libspatialindex-dev
!sudo pip3 install rtree
!pip install pygeos

overlap = gpd.overlay(gdf1,gdf2, how='intersection')
overlap.plot(figsize=(10,10), cmap='jet')

我收到以下错误消息

ImportError: Spatial indexes require either `rtree` or `pygeos`. See installation instructions at https://geopandas.org/install.html

是什么导致了这里的问题？

【问题讨论】：

您同时使用了pip 和pip3。他们可能在不同的 python 安装上运行
使用conda 安装rtree 并使用conda-forge 将您的python 更新为cpython。
尝试使用 venv (python3 -mvenv your-virtual-env)，然后避免（总是！）sudo pip。 pip 安装包，一旦你激活了我们的虚拟环境，应该以更可靠的方式产生一个连贯的库生态系统。

标签： python google-colaboratory geopandas

【解决方案1】：

我在 colab 上运行它时遇到了同样的问题，这是由于依赖关系，请遵循以下建议的相同顺序： https://geopandas.org/getting_started/install.html

对我来说，第一次安装依赖项时错误消失了：

!pip install pandas fiona shapely pyproj rtree

然后：

!pip install geopandas

【讨论】：

对我来说，这不起作用。