【发布时间】:2019-12-19 00:21:37
【问题描述】:
我想从NIMH Data Archive 下载一个公共数据集。在他们的网站上创建帐户并接受他们的数据使用协议后,我可以下载一个 CSV 文件,其中包含我感兴趣的数据集中所有文件的路径。每个路径的格式为 s3://NDAR_Central_1/...。
1 在我的个人电脑上下载
在NDA Github repository 中,nda-tools Python 库公开了一些有用的 Python 代码,可以将这些文件下载到我自己的计算机上。假设我要下载以下文件:
s3://NDAR_Central_1/submission_13364/00m/0.C.2/9007827/20041006/10263603.tar.gz
给定我的用户名 (USRNAME) 和密码 (PASSWD)(我用来在 NIMH 数据存档上创建帐户的那些),下面的代码允许我将此文件下载到我个人的 TARGET_PATH电脑:
from NDATools.clientscripts.downloadcmd import configure
from NDATools.Download import Download
config = configure(username=USRNAME, password=PASSWD)
s3Download = Download(TARGET_PATH, config)
target_fnames = ['s3://NDAR_Central_1/submission_13364/00m/0.C.2/9007827/20041006/10263603.tar.gz']
s3Download.get_links('paths', target_fnames, filters=None)
s3Download.get_tokens()
s3Download.start_workers(False, None, 1)
在后台,s3Download 的get_tokens 方法将使用USRNAME 和PASSWD 生成临时访问密钥、密钥和安全令牌。然后,start_workers 方法将使用 boto3 和 s3 传输 Python 库到download 选定的文件。
一切正常!
2 下载到 GCP 存储桶
现在,假设我在 GCP 上创建了一个项目,并想直接将该文件下载到 GCP 存储桶中。
理想情况下,我想做这样的事情:
gsutil cp s3://NDAR_Central_1/submission_13364/00m/0.C.2/9007827/20041006/10263603.tar.gz gs://my-bucket
为此,我在 Cloud Shell 中执行以下 Python 代码(通过运行 python3):
from NDATools.TokenGenerator import NDATokenGenerator
data_api_url = 'https://nda.nih.gov/DataManager/dataManager'
generator = NDATokenGenerator(data_api_url)
token = generator.generate_token(USRNAME, PASSWD)
这给了我访问密钥、秘密密钥和会话令牌。事实上,在下面,
-
ACCESS_KEY指的是token.access_key的值, -
SECRET_KEY指的是token.secret_key的值, -
SECURITY_TOKEN指的是token.session的值。
然后,我将这些凭据设置为 Cloud Shell 中的环境变量:
export AWS_ACCESS_KEY_ID = [copy-paste ACCESS_KEY here]
export AWS_SECRET_ACCESS_KEY = [copy-paste SECRET_KEY here]
export AWS_SECURITY_TOKEN = [copy-paste SECURITY_TOKEN here]
最后,我还在家里设置了.boto 配置文件。它看起来像这样:
[Credentials]
aws_access_key_id = $AWS_ACCESS_KEY_ID
aws_secret_access_key = $AWS_SECRET_ACCESS_KEY
aws_session_token = $AWS_SECURITY_TOKEN
[s3]
calling_format = boto.s3.connection.OrdinaryCallingFormat
use-sigv4=True
host=s3.us-east-1.amazonaws.com
当我运行以下命令时:
gsutil cp s3://NDAR_Central_1/submission_13364/00m/0.C.2/9007827/20041006/10263603.tar.gz gs://my-bucket
我最终得到:
AccessDeniedException: 403 AccessDenied
完整的追溯如下:
Non-MD5 etag ("a21a0b2eba27a0a32a26a6b30f3cb060-6") present for key <Key: NDAR_Central_1,submission_13364/00m/0.C.2/9007827/20041006/10263603.tar.gz>, data integrity checks are not possible.
Copying s3://NDAR_Central_1/submission_13364/00m/0.C.2/9007827/20041006/10263603.tar.gz [Content-Type=application/x-gzip]...
Exception in thread Thread-2:iB]
Traceback (most recent call last):
File "/usr/lib/python2.7/threading.py", line 801, in __bootstrap_inner
self.run()
File "/usr/lib/python2.7/threading.py", line 754, in run
self.__target(*self.__args, **self.__kwargs)
File "/google/google-cloud-sdk/platform/gsutil/gslib/daisy_chain_wrapper.py", line 213, in PerformDownload
decryption_tuple=self.decryption_tuple)
File "/google/google-cloud-sdk/platform/gsutil/gslib/cloud_api_delegator.py", line 353, in GetObjectMedia
decryption_tuple=decryption_tuple)
File "/google/google-cloud-sdk/platform/gsutil/gslib/boto_translation.py", line 590, in GetObjectMedia
generation=generation)
File "/google/google-cloud-sdk/platform/gsutil/gslib/boto_translation.py", line 1723, in _TranslateExceptionAndRaise
raise translated_exception # pylint: disable=raising-bad-type
AccessDeniedException: AccessDeniedException: 403 AccessDenied
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<Error><Code>AccessDenied</Code><Message>Access Denied</Message><RequestId>A93DBEA60B68E04D</RequestId><HostId>Z5XqPBmUdq05btXgZ2Tt7HQMzodgal6XxTD6OLQ2sGjbP20AyZ+fVFjbNfOF5+Bdy6RuXGSOzVs=</HostId></Error>
AccessDeniedException: 403 AccessDenied
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<Error><Code>AccessDenied</Code><Message>Access Denied</Message><RequestId>A93DBEA60B68E04D</RequestId><HostId>Z5XqPBmUdq05btXgZ2Tt7HQMzodgal6XxTD6OLQ2sGjbP20AyZ+fVFjbNfOF5+Bdy6RuXGSOzVs=</HostId></Error>
我希望能够直接将此文件从 S3 存储桶下载到我的 GCP 存储桶(无需创建虚拟机、设置 Python 并运行上面的代码 [可行])。为什么临时生成的凭据在我的计算机上有效,但在 GCP Cloud Shell 中无效?
调试命令的完整日志
gsutil -DD cp s3://NDAR_Central_1/submission_13364/00m/0.C.2/9007827/20041006/10263603.tar.gz gs://my-bucket
可以找到here。
【问题讨论】:
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您的 .boto 文件凭证不包括 aws_security_token。这是故意的吗?
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@jarmod 谢谢,我在帖子里忘记了。它已经在我的
.boto文件中。 -
文档有点混乱,我不使用 .boto 配置文件。是
aws_security_token还是aws_session_token? -
@jarmod 我认为这并不重要,因为凭据是在环境变量中设置的。顺便说一句,我帖子末尾的日志是:
DEBUG 1217 15:20:11.074951 provider.py] Using access key found in environment variable. DEBUG 1217 15:20:11.075263 provider.py] Using secret key found in environment variable. DEBUG 1217 15:20:11.075522 provider.py] Using security token found in environment variable.因此,.boto文件似乎无法在此处设置 S3 凭据。
标签: python amazon-s3 google-cloud-platform