在不同的文件python上使用子进程

Question

我有一个简短的脚本有问题，如果你能看一下就太好了！

import os
import subprocess

root = "/Users/software/fmtomov1.0/remaker_lastplot/source_relocation/observed_arrivals_loc3d"

def loop_loc3d(file_in):
    """Loops loc3d over the source files"""
    return subprocess.call (['loc3d'], shell=True)

def relocation ():
    for subdir, dirs, files in os.walk(root):
        for file in files:
            file_in = open(os.path.join(subdir, file), 'r')
            return loop_loc3d(file_in)

我认为脚本很容易理解，非常简单。但是我没有得到想要的结果。简而言之，我只想让“loc3d”对“observed_arrivals_loc3d”目录中存在的所有文件内容进行操作，这意味着我需要打开所有文件，这就是我实际所做的。事实上，如果我在之后尝试“打印文件”：

for subdir, dirs, files in os.walk(root)

我会得到每个文件的名称。此外，如果我在

之后尝试'print file_in'

file_in = open(os.path.join(subdir, file), 'r')

对于每个文件，我都会得到类似这样的内容：

<open file '/Users/software/fmtomov1.0/remaker_lastplot/source_relocation/observed_arrivals_loc3d/EVENT2580', mode 'r' at 0x78fe38>

子进程仅在一个文件上单独测试过，并且可以正常工作。

总的来说，我没有收到任何错误，但只有 -11，这对我来说绝对没有任何意义。 loc3d 的输出应该完全不同。

那么代码对您来说看起来不错吗？有什么我想念的吗？有什么建议吗？

感谢您的帮助！

Answer 1

我假设您会从 CLI 调用 loc3d filename。如果是，那么：

def loop_loc3d(filename):
    """Loops loc3d over the source files"""
    return subprocess.call (['loc3d',filename])

def relocation():
    for subdir, dirs, files in os.walk(root):
        for file in files:
            filename = os.path.join(subdir, file)
            return loop_loc3d(filename)

也就是说，不要自己打开文件，让loc3d来做吧。

Answer 2

目前，您的重定位方法将在第一次迭代后返回（对于第一个文件）。您根本不需要返回。

def loop_loc3d(filename):
    """Loops loc3d over the source files"""
    return subprocess.call (['loc3d',filename])

def relocation ():
    for subdir, dirs, files in os.walk(root):
        for file in files:
            filename = os.path.join(subdir, file)
            loop_loc3d(filename)

这只是问题之一。另一个是关于loc3d 本身。尝试提供 loc3d 的完整路径。

Answer 3

-11 退出代码可能意味着该命令被信号分段错误杀死。 这是loc3d 中的一个错误。行为良好的程序不应在任何用户输入时产生“分段错误”。

只提供loc3d 它可以理解的文件。打印文件名或使用subprocess.check_call() 找出它不喜欢哪个文件：

#!/usr/bin/env python
import fnmatch
import os
import subprocess

def loc3d_files(root):
    for dirpath, dirs, files in os.walk(root, topdown=True):
        # skip hidden directories
        dirs[:] = [d for d in dirs if not d.startswith('.')]
        # process only known files
        for file in fnmatch.filter(files, "*some?pattern[0-9][0-9].[ch]"):
            yield os.path.join(dirpath, file)

for path in loc3d_files(root):
    print path
    subprocess.check_call(['loc3d', path]) # raise on any error

Answer 4

刚刚发现，正如 unutbu 所说，loc3d 依赖于几个变量，在特定情况下，我必须每次从我的目录中创建和删除一个名为“observal_arrivals”的变量。在 Pythonic 术语中，这意味着：

import os
import shutil
import subprocess

def loop_loc3d(file_in):
    """Loops loc3d over the source files"""
    return subprocess.call(["loc3d"], shell=True)

path = "/Users/software/fmtomo/remaker_lastplot/source_relocation"
path2 = "/Users/Programming/working_directory/2test"
new_file_name = 'observed_arrivals'
def define_object_file ():
    for filename in os.listdir("."):
        file_in = os.rename (filename, new_file_name) # get the observal_arrivals file
        file_in = shutil.copy ("/Users/simone/Programming/working_directory/2test/observed_arrivals", "/Users/software/fmtomo/remaker_lastplot/source_relocation")
        os.chdir(path) # goes where loc3d is
        loop_loc3d (file_in)
        os.remove("/Users/software/fmtomo/remaker_lastplot/source_relocation/observed_arrivals")
        os.remove ("/Users/Programming/working_directory/2test/observed_arrivals")
        os.chdir(path2)

现在，这运行得很好，所以它应该回答我的问题。我想这很容易理解，它只是复制，更改目录之类的东西。