用两个 y 绘制下限和上限答案

【问题标题】：plot lower and upper limits with two ys用两个 y 绘制下限和上限
【发布时间】：2017-11-26 23:11:36
【问题描述】：

我有一个 df，它是 predict.lm 的输出，附加到另一个 df 两列 label 和 actual

df <- data.frame(
label = c('A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G'), 
actual = c(13.9, 13.4, 13.8, 14.3, 14.2, 13.6, 14.1),
fit = c(13.8, 13.9, 14.1, 14.0, 13.9, 14.3, 14.1),
lwr = c(13.6, 13.7, 13.8, 13.8, 13.7, 14.0, 13.9),
upr = c(14.3, 14.2, 14.7, 14.3, 14.1, 14.9, 14.9)
)

我想用lwr 和upr （所有点的黑线区域）之间的空间来绘制这个图，它是透明的颜色。

我试过这个，它给了我 2 年的情节，但没有间隔。

ggplot(df, aes(x = label, y = fit)) +
  theme_bw() +
  geom_ribbon(aes(ymin = lwr, ymax = upr)) +
  geom_line(color = "blue") +
  geom_point(aes(color = label)) +
  geom_point(aes(x = label, y = actual))

它给了我下面的这个图，但我想要一个像上面那个一样的，空间是灰色的。

【问题讨论】：

标签： r plot ggplot2

【解决方案1】：

如果将x定义为连续变量，则可以获得所需的绘图。可以将行索引用作连续的x，然后使用scale_x_continuous 使用所需的标签对其进行标记。

此外，最好将数据重新整形为长格式并使用key 值来设置颜色美学：

先提供连续的x并转成长格式：

library(tidyverse)
df %>%
  mutate(x = row_number()) %>%
  gather(key, value, 2:5) -> df1

我不确定您是否希望在 lwr 和 upr 之间绘制一个区域或一条线。如果不需要该区域而不是geom_ribbon，您可以使用geom_linerange 绘制由x、ymin 和ymax 定义的线。您可以向此 geom 提供原始数据框，因为它期望 ymin 和 ymax 是特定列，而 df1 中不是这种情况。

ggplot(df1) +
  geom_line(aes(x = x, y = value, color = key)) +
  scale_x_continuous(labels = df$label, breaks = 1:7) +
  geom_linerange(data = df %>%
                   mutate(x = row_number()), aes(x = x, ymin = lwr, ymax = upr)) +

  theme_bw()

要调整整个绘图的外观，您可以使用自定义调色板或 ggpubr 库中的 get_palette 函数（因为您的颜色类似于 jco 配色方案）并添加一些妆容：

  library(ggpubr)  

  ggplot(df1) +
    geom_line(aes(x = x, y = value, color = key), size = 1) +
    geom_point(aes(x = x, y = value, color = key), size = 2) +
    scale_x_continuous(labels = df$label, breaks = 1:7) +
    geom_linerange(data = df %>%
                     mutate(x = row_number()), aes(x = x, ymin = lwr, ymax = upr)) +
    scale_color_manual(values = get_palette(palette = "jco", 4), name = "") +
    theme_bw() +
    xlab("label") +
    ylab("Absolute") +
    theme(legend.position = "bottom")

或者，如果您的意图是描绘lwr 和upr 的区域：

  ggplot(df1) +
    geom_ribbon(data = df %>%
                     mutate(x = row_number()), aes(x = x, ymin = lwr, ymax = upr), alpha = 0.1) +
    geom_line(aes(x = x, y = value, color = key), size = 1) +
    geom_point(aes(x = x, y = value, color = key), size = 2) +
    scale_x_continuous(labels = df$label, breaks = 1:7) +
    scale_color_manual(values = get_palette(palette = "jco", 4), name = "") +
    theme_bw() +
    xlab("label") +
    ylab("Absolute") +
    theme(legend.position = "bottom")

【讨论】：