将大量点写入 vtk 文件格式答案

【问题标题】：writing huge number of points to vtk file format将大量点写入 vtk 文件格式
【发布时间】：2014-10-11 12:26:39
【问题描述】：

我正在用 python 编写脚本，它解析大约 500 个宽度为 1810px 和高度为 1808px 的图像（3d 对象的切片）。我想从所有这些图像中写入点（原始颜色）并将它们保存为 vtk 文件格式。出于测试目的，我修改了 vtk 中的示例：

import vtk
from vtk import *

#setup points and vertices
Points = vtk.vtkPoints()
Vertices = vtk.vtkCellArray()

for x in xrange(0, 1808):
    for y in xrange(0, 1810):
        for z in xrange(0, 544):
            id = Points.InsertNextPoint(x, y, z)
            Vertices.InsertNextCell(1)
            Vertices.InsertCellPoint(id)


polydata = vtk.vtkPolyData()
polydata.SetPoints(Points)
polydata.SetVerts(Vertices)
polydata.Modified()
if vtk.VTK_MAJOR_VERSION <= 5:
    polydata.Update()

writer = vtk.vtkXMLPolyDataWriter()
writer.SetFileName("TriangleColoredPoints.vtp")
if vtk.VTK_MAJOR_VERSION <= 5:
    writer.SetInput(polydata)
else:
    writer.SetInputData(polydata)
writer.Write()

现在它甚至没有读取图像，但问题是当我添加所有这些点时，我的内存不足。有没有办法分块保存这些点？

【问题讨论】：

您确定需要多数据吗？也许 vtkImage 会更好（参见stackoverflow.com/a/7667417/1136458 中的示例）。无论如何，这并不能解决内存问题

标签： python vtk

【解决方案1】：

看起来您正在尝试编写大约 1800x1800x500 点（约 16 亿点）的多数据。数百万可能是可能的，但不是数十亿，反正还不是。看起来你需要减少你的问题规模。如果确实减少了问题大小，请使用 vtkXMLPolyDataWriter。它有

writer->SetDataModeToBinary();
writer->SetCompressorTypeToZLib();

这对于将大型模型紧凑地写入文件系统很有用。

或者，您可以将图像存储为单个卷（1800x1800x500，vtkImageData），正如上面的评论提到的那样，仍然会有非常大的内存使用。然后您可以进行体积渲染或行进立方体以获得表面等。但是如果没有更多细节来说明您想要实现的目标，就很难进一步回答了。

【讨论】：