在 R 中的网络图中操作边缘列表答案

【问题标题】：Manipulating edgelist in a network graph in R在 R 中的网络图中操作边缘列表
【发布时间】：2021-10-23 22:12:27
【问题描述】：

我有一个edgelist，它具有以下列from 和to。这表示节点之间的边。

from = c("10009", "10009",  "10009", "10009",  "10011", "10011", ...)
to = c("23908", "230908", "230908", "230908", "230514", "230514", ...)

edgelist = data.frame(from, to)
nodes = c("10009", "10011", "230908", "230514" ...)

然后我创建了一个网络对象，转换为图形对象，以计算其中心性度量：

library(network)
library(qgraph)
library(igraph)

network_el = network(edgelist, vertex.attr = nodes, directed=T) #network object

g = asIgraph(network_el) #convert to graph object

centrality = centrality_auto(g) #calculate Centrality

df = data.frame(centrality$edge.betweenness.centrality) #extract edge betweenness centrality into a dataframe

这给了我一个包含 c("from", "to", "centrality") 列的数据框。但是，“from”和“to”不再是edgelist 中列出的原始节点名称。它们已被转换为不同的 ID，从 1...开始到最后一行。

#my current results
from = c("1","2","3","4"...)
to = c("6", "100", "204", ...)
edge.betweenness.centrality = c(4653193, 20188105, ...)

如何合并原始节点名称？我需要识别实际的“from”和“to”（即节点数据），例如：

#my desired results
from = c("10009", "10009", "10009", "10009", "10011"...) #rather than 1,2,3..
to = c("23908", "230908", "230908", "230908", "235014",...)
edge.betweenness.centrality = c(4653193, 20188105, ...)

【问题讨论】：

如果我们知道结构是什么样的，而无需自己构建数据集，则更容易提供帮助。请包含一个最小可重复的示例，包括library 调用和您预期结果的描述
感谢您的帮助，编辑了我的问题以使其更清晰。

标签： r network-analysis

【解决方案1】：

我认为这可行 - 节点 ID 现在已恢复原状！

#Assign as dictionary
dict <- data.frame(name = V(g)$vertex.names)
dict <- data.frame (row.names(dict), dict)

#Replace with dictionary values
df$from <- with(dict, name[match(df$from, row.names.dict.)])
df$to <- with(dict, name[match(df$to, row.names.dict.)])

【讨论】：

【解决方案2】：

这是一个使用 igraph 的示例：

library(igraph)

我们创建一个带有显式顶点名称的示例图：

g <- sample_pa(length(letters), m=2, directed=F)
V(g)$name <- letters

计算边缘介数并将其保存到边缘属性：

E(g)$eb <- edge_betweenness(g)

现在是您要求的数据框，带有原始顶点名称：

> as_data_frame(g)
   from to        eb
1     a  b 12.831818
2     a  c 16.524242
3     b  c 25.700000
4     c  d 30.812879
5     b  d 12.464394
...
...

【讨论】：