如何将地理距离矩阵添加到 igraph 网络？答案

【问题标题】：How can I add geographic distance matrix to an igraph network?如何将地理距离矩阵添加到 igraph 网络？
【发布时间】：2022-04-16 01:00:56
【问题描述】：

我有一个由 169 个节点（社区）组成的 igraph 网络。我添加了一些顶点属性使用： V(g)$attribute。我将研究节点（社区）之间地理距离的影响。我已经根据经度和纬度计算了社区之间的距离：

head(df)
neighbourhood     lon       lat
      1         41.47141  -81.75226
      2         41.47562  -81.74670
      3         41.47608  -81.73900
      .            .          .
      .            .          .

# Calculate the geographic distance matrix using  distm() from geosphere

dis.matrix <- (distm(cbind(df$lon, df$lat)))

# The result is a geographic matrix of 169x169 (distance in meters)

现在，我的问题是如何将这些距离添加到网络 (g) 中，以便使用指数随机图模型 ergm() 研究距离对链接节点的影响。

【问题讨论】：

标签： r igraph sna

【解决方案1】：

我想你正在寻找这个。

library(igraph)
library(geosphere)


df <- data.frame(neighbourhood = c(1, 2, 3),
                 lon           = c(41.47141, 41.47562, 41.47608),
                 lat           = c(-81.75226, -81.74670, -81.73900))

distance.matrix <- distm(subset(df, select = c(lon, lat)))

my.graph <- graph_from_adjacency_matrix(distance.matrix, mode = "undirected", weighted = TRUE)

# At attributes to the vertices.
V(my.graph)$name <- df$neighbourhood
V(my.graph)$lon  <- df$lon
V(my.graph)$lat  <- df$lat

# Remove duplicated edges.
my.graph <- simplify(my.graph)

# The distances are saved in the edges in the variable weight.
E(my.graph)$weight

plot(my.graph, edge.label = E(my.graph)$weight)

HTH！

【讨论】：