通过 f2py 对 Python 的 Fortran 扩展：如何分析？答案

【问题标题】：Fortran extension to Python via f2py: How to profile?通过 f2py 对 Python 的 Fortran 扩展：如何分析？
【发布时间】：2013-05-08 20:03:23
【问题描述】：

我正在使用通过 f2py（版本 2）编译的 Fortran (gfortran 4.4.7) 编写的 Python (2.7.2) 扩展。

我可以使用cProfile 分析 Python 部分，但结果没有提供有关 Fortran 函数的任何信息。相反，时间归因于调用 Fortran 函数的 Python 函数。

我已为我构建的所有 Fortran 对象启用“-pg -O”标志，以及在 f2py 调用中通过以下方式创建共享对象：f2py --opt="-pg -O" ...

非常感谢任何有关如何获取 Fortran 信息的提示。

如果有人使用类似的设置，使用不同的分析器，我也会感兴趣。

【问题讨论】：

FWIW，我停止使用 f2py 是因为这个原因......很难进去看看 Fortran 代码中发生了什么。问题是 Fortran 代码是用 C 代码包装的，进一步混淆了情况。
也许你应该尝试一下 python 的方式：将测试例程放在 python 模块的if __name__=="__main__": 部分是一个好习惯。所以我建议编写一个单独的 Fortran 程序来单独分析这部分。
Fortran 函数调用显示为<ipython-input-51-f4bf36c6a947>:84(<module>)。确实，您无法确定正在调用哪个模块，但它给了您一个想法。另一种方法是将其包装到 Python 函数中，然后查看 Python 函数的时序。
@ilciavo 这可能是最好的答案。你介意让它成为一个答案吗？我可能会接受它（考虑到这个问题已经开放的时间;-)）。

【解决方案1】：

Fortran 函数调用显示为：

<ipython-input-51-f4bf36c6a947>:84(<module>).

我知道，您无法确定正在调用哪个模块，但至少这让您有所了解。

另一种方法是将其包装到 Python 函数中，然后查看 Python 函数的时序。

【讨论】：

【解决方案2】：

看看python扩展分析器yep。

【讨论】：

手册说使用ppref来阅读file.prof。能否请您简要解释一下如何做到这一点？
我怀疑pperf 这个名字是一个错字。它可能会说pprof（来自谷歌的perftools）
是的，这取决于 google-perftools，它与 64 位系统有问题。来自其文档：“64 位系统上的 glibc 内置堆栈展开器与 perftools 库存在一些问题”。由于这个原因，我无法使用它。

【解决方案3】：

这个工作流程似乎运作良好：

valgrind --tool=callgrind python my_python_script_calling_f2py_functions.py arg1 arg2

1. 转换为 .dot 文件（如果需要，您可以使用以下命令安装 gprof2dot：“pip install git+https://github.com/jrfonseca/gprof2dot”）

gprof2dot -f callgrind callgrind.out.27237 > callgrind.dot

dot -Tjpg callgrind.dot -o callgrind.jpg

【讨论】：