如何将 PDB 文件转换为 R 语言中的数据框？

【问题标题】：How can I convert a PDB file to a data frame in the R language?如何将 PDB 文件转换为 R 语言中的数据框？
【发布时间】：2017-06-21 01:09:16
【问题描述】：

我试过这个：

proteins <- read.pdb("exampleFile.pdb")

然后我尝试将蛋白质转换为数据框：

as.data.frame(proteins)

但是 R 说它不能将类 "c("pdb", "sse")" 强制转换为数据框。我正在使用 bio3d 包。

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics

【解决方案1】：

如果您只对 PDB 文件的原子感兴趣，可以通过atom 访问它们。

原子

包含所有原子坐标 ATOM 和 HETATM 数据的 data.frame，每个 ATOM/HETATM 有一行，每个记录类型有一个列。

library('bio3d')
protein <- read.pdb('~/Downloads/1ubq.pdb')
df <- as.data.frame(protein$atom)
print(df)

     type eleno elety  alt resid chain resno insert      x      y      z    o     b segid elesy charge
1     ATOM     1     N <NA>   MET     A     1   <NA> 27.340 24.430  2.614 1.00  9.67  <NA>     N   <NA>
2     ATOM     2    CA <NA>   MET     A     1   <NA> 26.266 25.413  2.842 1.00 10.38  <NA>     C   <NA>
3     ATOM     3     C <NA>   MET     A     1   <NA> 26.913 26.639  3.531 1.00  9.62  <NA>     C   <NA>

[...]

【讨论】：