Snakemake：在一个输出目录中输出文件

Question

我正在运行的程序只需要指定目录即可保存输出文件。如果我使用snakemake 运行它，则会出现错误：

IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'BOB/call_images/chrX_194_1967_BOB_78.rpkm.png'

我的尝试：

rule all:
    input:
        "BOB/call_images/"

rule plot:
    input:
        hdf="BOB/hdf5/analysis.hdf5",
        txt="BOB/calls.txt"
    output:
        directory("BOB/call_images/")
    shell:
        """
        python someprogram.py plotcalls --input {input.hdf} --calls {input.txt} --outputdir {output[0]}
        """

这个版本都不行：

output:
     outdir="BOB/call_images/"

Answer 1

通常，snakemake 会为指定的输出文件创建输出目录。 snakemake directory() 声明告诉snakemake 该目录是输出，因此它留给规则来创建输出目录。

如果您可以预测输出文件的名称（即使您没有在命令行中指定它们），您应该在 output: 字段中告诉snakemake 输出文件名。例如：

rule plot:
    input:
        hdf="BOB/hdf5/analysis.hdf5",
        txt="BOB/calls.txt"
    output:
        "BOB/call_images/chrX_194_1967_BOB_78.rpkm.png"
    params:
        outdir="BOB/call_images"
    shell:
        """
        python someprogram.py plotcalls --input {input.hdf} --calls {input.txt} --outputdir {params.outdir}
        """

（使用参数来定义输出目录而不是在shell命令中硬编码的好处是你可以在那里使用通配符）

如果你无法预测输出文件名，那么你必须手动运行mkdir -p {output}作为shell命令的第一步。

rule plot:
    input:
        hdf="BOB/hdf5/analysis.hdf5",
        txt="BOB/calls.txt"
    output: directory("BOB/call_images")
    shell:
        """
        mkdir -p {output}
        python someprogram.py plotcalls --input {input.hdf} --calls {input.txt} --outputdir {output}
        """