将适配器序列添加到 fastq 文件的末尾答案

【问题标题】：adding an adapter sequence to the end of a fastq file将适配器序列添加到 fastq 文件的末尾
【发布时间】：2015-07-15 01:37:49
【问题描述】：

我有一个大的 fastq 文件，我想将序列“TTAAGG”添加到我文件中每个序列的末尾（第 2 行，然后是之后的每 4 行），同时仍保持 fastq 文件格式。例如：这是我开始的第一行：

@HWI-D00449:41:C2H8BACXX:5:1101:1219:2053 1:N:0:
GCAATATCCTTCAACTA
+
FFFHFHGFHAGGIIIII

我希望它打印出来：

@HWI-D00449:41:C2H8BACXX:5:1101:1219:2053 1:N:0:
GCAATATCCTTCAACTATTAAGG
+
FFFHFHGFHAGGIIIII

我想 sed 或 awk 会对此有好处，但我一直无法找到让我保持 fastq 格式的解决方案。

我试过了：

awk 'NR%4==2 { print $0 "TTAAGG"}' < file_in.fastq > fileout_fastq

将 TTAAGG 添加到第二行，然后每隔四行添加一次，但它也删除了其他三行。

是否有人对我可以使用的命令行提出建议，或者如果您知道当前可用的软件包可以执行此操作，请告诉我！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

用 GNU sed 试试这个：

 sed '2~4s/$/TTAAGG/' file

【讨论】：