如何将多个 .sra 文档变成一个 fastq 文档？

Question

我从 NCBI 下载了属于一个样本的一系列 .sra。我试着把一个sra改成fastq，但是出错了。

我的代码： $fastq-dump I --split-files ERRXXXXX.sra.

我的 .sra 文件已配对。

我用$fastq-dump SRR5XXXXX.sra改了另一个进程，效果很好。

因此我想知道如何将多个 .sra 制作成一个 .fastq 文件？谢谢你的好意。

Answer 1

我不太了解整个信息，但是关于您的具体问题“如何将多个 .sra 制作成一个 .fastq 文档”，答案很简单：

• 以常规方式从您感兴趣的所有 sra 文件中生成多个 fastq 文件。
• 将所有这些 fastq 文件连接到一个文件中：cat fastq1.fq fastq2.fq ... fastqN.fq > new_fastq.fq
• 如果不再需要，删除中间文件

new_fastq.fq 文件包含原始 sra 文件中的所有信息。

注意不要在同一个 fastq 中混合第一端和第二端（当然，除非你知道自己在做什么）。