用python写一个带有fastq对名称的txt文件答案

【问题标题】：Write an txt file with fastq pair names with python用python写一个带有fastq对名称的txt文件
【发布时间】：2019-12-14 11:05:57
【问题描述】：

我是 python 新手，想改进它。现在我想编写一个 python 脚本来将我的 fastq 文件名组织成一个 txt 文件，如下所示：

我的文件是这样的：

d1_S10_L001_R1_001.fastq
d1_S10_L001_R2_001.fastq
d2_S11_L001_R1_001.fastq
d2_S11_L001_R2_001.fastq

我想要的是这样写一个txt文件：

d1 d1_S10_L001_R1_001.fastq d1_S10_L001_R2_001.fastq
d2 d2_S11_L001_R1_001.fastq d2_S11_L001_R2_001.fastq

此文件包含：第一个“_”之前的字符串，后跟 fastq 对。它们用“\t”分隔。

我知道这应该是一个非常简单的 python 任务，但我现在能做的就是：

import os


files = os.listdir(os.getcwd() + "/fastq")

with open("microbiome.files", "w") as myfile:
    for file in files:
        filename = file.split("_")[0]
        myfile.write(filename + "\t" + file + '\n')

这显然做得不对。它给了我：

d1 d1_S10_L001_R1_001.fastq 
d1 d1_S10_L001_R2_001.fastq
d2 d2_S11_L001_R1_001.fastq 
d2 d2_S11_L001_R2_001.fastq

如何解决这个问题？

非常感谢！

【问题讨论】：

您好 Joran，抱歉，我不明白您所说的“全部收集”是什么意思。

标签： python fastq

【解决方案1】：

您需要先对文件进行排序

files = sorted(os.listdir("fastq")) # normal sort should work fine

那么你需要按文件名的第一部分分组

import itertools
for groupID,groupItems in itertools.groupby(files,lambda x:x.split("_",1)[0]):
    my_file.write("{id} {names}\n".format(id=groupID,names=" ".join(groupItems)))

【讨论】：

【解决方案2】：

按照 Joran 的建议收集所有内容，我更喜欢使用 glob（如果您的目录中可能还有其他一些文件类型也有帮助）：

import glob
files=glob.glob("*.fastq")
prefixes=set(f.split('_')[0] for f in files)
files_dict={p: [f for f in files if f.startswith(p)] for p in prefixes}
to_write='\n'.join(["{} {}".format(k, " ".join(v) for k, v in files_dict.items()] )
writer=open("microbiome.files", 'w')
writer.write(to_write)
writer.close()

【讨论】：