R中的秒表功能

Question

是否有类似于 MATLAB 的tic/toc 的 R 计时器或秒表功能？

Answer 1

正如 Dirk 所说，R 中有很多分析工具。如果你想要 tic/toc 的简单性，那么你也可以在 R 中实现。

编辑：我已经从 MATLAB 包中蚕食了垃圾收集功能，tic 现在让您可以选择是对总经过时间感兴趣还是只对用户时间感兴趣。

tic <- function(gcFirst = TRUE, type=c("elapsed", "user.self", "sys.self"))
{
   type <- match.arg(type)
   assign(".type", type, envir=baseenv())
   if(gcFirst) gc(FALSE)
   tic <- proc.time()[type]         
   assign(".tic", tic, envir=baseenv())
   invisible(tic)
}

toc <- function()
{
   type <- get(".type", envir=baseenv())
   toc <- proc.time()[type]
   tic <- get(".tic", envir=baseenv())
   print(toc - tic)
   invisible(toc)
}

用法是，例如，tic(); invisible(qr(matrix(runif(1e6), nrow=1e3))); toc()

Answer 2

CRAN 上有一个 MATLAB 仿真包matlab。它具有tic 和toc 的实现（但它们看起来与Richie Cottons 答案中的函数非常相似；在proc.time() 中使用“elapsed”而不是“user.self”）

> tic
function (gcFirst = FALSE) 
{
    if (gcFirst == TRUE) {
        gc(verbose = FALSE)
    }
    assign("savedTime", proc.time()[3], envir = .MatlabNamespaceEnv)
    invisible()
}
<environment: namespace:matlab>
> toc
function (echo = TRUE) 
{
    prevTime <- get("savedTime", envir = .MatlabNamespaceEnv)
    diffTimeSecs <- proc.time()[3] - prevTime
    if (echo) {
        cat(sprintf("elapsed time is %f seconds", diffTimeSecs), 
            "\n")
        return(invisible())
    }
    else {
        return(diffTimeSecs)
    }
}
<environment: namespace:matlab>

Answer 3

不存在 tic 和 toc 的直接等效项。

请参阅help(system.time) 以及 R Extensions 手册中有关分析的内容。 High Performance Computing with R taskview

上引用的“使用 R 的 HPC 简介”幻灯片中还讨论了分析和分析工具

Answer 4

你可以有一个非常简单的 tic 和 toc 等价：

tic=proc.time()[3]

...code...

toc=proc.time()[3] - tic

这里的[3]是因为我们对proc.time()返回的向量中的第三个元素感兴趣，也就是经过的时间。

Answer 5

闭包方法

一个非常干净和简单的方法是使用闭包（这只是意味着在函数中包含一个函数）：

tic <- function () { 
    now <- proc.time()
    function () { 
        proc.time() - now 
    }
}

你像这样启动计时器：

toc <- tic()

然后你可以像这样找回时间：

toc()

输出一个命名向量，打印如下：

 user  system elapsed 
0.008   0.004   2.055 

即使这个版本很简单，您也可以获得 Matlab 和 Richie Cotton 版本的所有功能以及能够运行多个计时器的附加功能：

toc1 <- tic()
toc2 <- tic()

Answer 6

有一个相对较新的包 tictoc 可以完全复制您在 Matlab 中使用的功能。

http://cran.r-project.org/web/packages/tictoc/index.html

## Basic use case
tic()
print("Do something...")
Sys.sleep(1)
toc()
# 1.034 sec elapsed

Answer 7

截至 2015 年 3 月 25 日， 并且可能更早， pracma 包包含函数tic() 和toc()。

例子：

> library(pracma)
> tic()
> for(i in 1:10000) mad(runif(10000))    # kill time
> toc()
elapsed time is 18.610000 seconds 

Answer 8

不，但这是一种单行解决方案。

time.it<-function(f) { a<-proc.time(); out<-f(); print(proc.time()-a); out }

还有一个用法示例：

result<-time.it(function(){ A<-matrix(runif(5000^2),nrow=5000); b<-runif(5000); solve(A,b) } )
user  system elapsed 
12.788  12.268   8.623 

否则，microbenchmark 是我最喜欢的软件包。

Answer 9

为了完整起见：您实际上可以“模拟”抽动 和R中的toc，这样你就可以写了

tic
## do something
toc

没有括号。诀窍是滥用print 函数，如Fun: tic and toc in R:

tic <- 1
class(tic) <- "tic"

toc <- 1
class(toc) <- "toc"

print.tic <- function(x, ...) {
    if (!exists("proc.time"))
        stop("cannot measure time")
    gc(FALSE)
    assign(".temp.tictime", proc.time(), envir = .GlobalEnv)
}

print.toc <- function(x,...) {
    if (!exists(".temp.tictime", envir = .GlobalEnv))
        stop("did you tic?")
    time <- get(".temp.tictime", envir = .GlobalEnv)
    rm(".temp.tictime", envir = .GlobalEnv)
    print(res <- structure(proc.time() - time,
                           class = "proc_time"), ...)
    invisible(res)
}

所以打字

tic
Sys.sleep(2)
toc

应该是这样的：

   user  system elapsed 
  0.000   0.000   2.002 

正如我所说，这是一个把戏； system.time、Rprof 和 rbenchmark 等包是测量的方式 R中的计算时间。

Answer 10

install.packages("tictoc")
library(tictoc)
# Timing nested code. 
# The string provided in the call to tic() becomes a prefix to the output of toc()
tic("outer")
    Sys.sleep(1)
    tic("middle")
        Sys.sleep(2)
        tic("inner")
            Sys.sleep(3)
        toc() # inner
# inner: 3.004 sec elapsed
    toc() # middle
# middle: 5.008 sec elapsed
toc() # outer
# outer: 6.016 sec elapsed

tictoc 包实现了先前答案中描述的功能 - 感谢您的启发！该包还添加了嵌套计时，将计时收集在用户定义的变量、自定义消息和回调中。