如何序列化/反序列化 ggplot 对象以在 R 中与 mongodb 一起使用

Question

我有这个代码：

for(plot in plotResults) {
  .session$plots[[plot$id]] <- if (!is.null(plot[["grob"]])) {
    plot[["grob"]]
  } else {
    plot[["plot"]]
  }
  ggsave(paste0(plot$id, ".png"), .session$plots[[plot$id]])
  ...

}

文件已生成，但是当我使用此工具将 ggplot 对象保存到 mongo 时：

serializeObj <- function(obj) {
  if (is.list(obj)) {
    structure(lapply(obj, serializeObj), names = serializeNames(obj))
  } else {
    rawToChar(serialize(obj, NULL, ascii = TRUE))
  }
}

deserializeObj <- function(obj) {
  if (is.list(obj)) {
    structure(lapply(obj, deserializeObj), names = unserializeNames(obj))
  } else if (is.serialized(obj)) {
    unserialize(charToRaw(obj))
  } else {
    obj
  }
}

## Replaces characters illegal in Mongo names with "safe" substitutes
safeNames <- function(value) {
  gsub("\\.", "___DOT___", value)
}

## Replaces back "safe" substitutes
unsafeNames <- function(value) {
  gsub("___DOT___", ".", value)
}

serializeNames <- function(obj) {
  lapply(names(obj), safeNames)
}

unserializeNames <- function(obj) {
  lapply(names(obj), unsafeNames)  
}

我在保存到 mongo 之前运行 serializeObj，然后在从 mongo 读取后运行 deserializeObj。在读取而不是 ggplot 对象后，我得到了列表，我无法在该列表上调用 ggsave。

如何序列化某种类型的对象，例如 ggplot，然后反序列化它以获得相同的对象？

Answer 1

这项工作，而不是递归序列化器/反序列化器，只需要一个级别，也不需要序列化名称，因为它们不再有点，只有嵌套的绘图数据有它们。

serializePlots <- function(data) {
  lapply(data, function(plot) {
    rawToChar(serialize(plot, NULL, ascii = TRUE))
  })
}

unserializePlots <- function(data) {
  lapply(data, function(obj) {
    if (is.serialized(obj)) {
      unserialize(charToRaw(obj))
    } else {
      obj
    }
  })
}

Answer 2

正如您的 cmets 所指出的，您正在丢失有关 ggplot 对象的类的信息。您可能应该确保存储此信息并在反序列化时恢复它。例如，我写了三个简单的 f(x) 可能会有所帮助。

#### custom f(x)    
serializeGGClasses <- function(obj) {
  serializeObj(sapply(obj, class))
}

unserializeGGClasses <- function(obj) {
  lapply(obj, (function(el) {unserialize(charToRaw(el)) } ))
}

restoreGGClasses <- function(plot.obj, class.obj) {
  class(plot.obj) <- c("gg", "ggplot")
  for (i in 1:length(plot.obj)) {
   class(plot.obj[[i]]) <- class.obj[[i]] 
  }
  return(plot.obj)
}

###

现在，您可以序列化 ggplot 对象的所有类并将它们存储在您的数据库中。当您检索对象时，您需要恢复它们

library(ggplot2)    
a<- qplot(1, 1)
class(a)     # "gg"     "ggplot"
is.list(a)   # TRUE

b <-  serializeObj(a)
b.class <- serializeGGClasses(a)

# Unserialize
c <- deserializeObj(b)
c.class <- unserializeGGClasses(b.class)

# Right now, "c" is just a list
final.c <- restoreGGClasses(plot.obj = c, 
                            class.obj = c.class)

# "final.c" can be plotted
final.c