在 R 中使用参数执行 perl 脚本答案

【问题标题】：Execute perl script with arguments in R在 R 中使用参数执行 perl 脚本
【发布时间】：2015-04-07 20:18:59
【问题描述】：

我有一个 perl 脚本（SFDRv166.pl，在此处提供 http://bit.ly/1DGmUTL），我使用以下命令从命令行成功运行：

perl SFDRv166.pl -assoc input.txt -SFDR -out test

我现在需要将此程序作为 R 脚本的一部分运行，并尝试按如下方式实现它：

arg1 <- shQuote("-assoc input.txt")
arg2 <- shQuote("-SFDR")
arg3 <- shQuote("-out test")

system("perl SFDRv166.pl arg1 arg2 arg3")

但是，我收到了一条ERROR: cannot find ! 消息，我相信这是因为参数没有传递给 perl 脚本（输出显示没有指定输入或输出文件，并且没有创建输出）。

从阅读system() 的文档中可以看出，带空格的参数需要特殊处理，这就是我尝试使用shQuote() 的原因。不确定我的方法还有什么问题？

【问题讨论】：

标签： r perl

【解决方案1】：

试试这个：

arg1 <- "-assoc input.txt"
arg2 <- "-SFDR"
arg3 <- "-out test"
cmd <- paste("perl", "SFDRv166.pl", arg1, arg2, arg3)
system(cmd)

现在你不需要shQuate。

【讨论】：