【发布时间】:2019-03-04 09:50:34
【问题描述】:
我有一个 CD-hit 结果文件(对于熟悉 CD-hit 的人)。我想将另一个文件中的第二列值粘贴到相应匹配的 RUN ID 旁边的 CD-hit 文件中,该文件是一个 2 列制表符分隔的表(如示例图像中以绿色突出显示的那个)。 RUN ID 是制表符分隔表中的第一列(如下)。sample image for CD-hit file
CD-hit 结果文件(第一个文件)
>Cluster 0
0 108nt, >ERR123456.1016542.1... *
1 108nt, >ERR123456.3114223.2... at +/93.52%
2 108nt, >ERR345678.217087.1... at -/89.81%
3 108nt, >ERR345678.291581.2... at -/92.59%
4 108nt, >ERR567890.3381351.2... at +/87.96%
5 108nt, >ERR987654.126640.2... at -/86.11%
6 108nt, >ERR987654.2492930.2... at +/84.26%
7 108nt, >ERR987654.3327702.1... at +/92.59%
>Cluster 1
0 108nt, >ERR876543.626414.2... *
1 108nt, >ERR123456.3213598.2... at +/85.19%
2 108nt, >ERR567890.1158706.2... at +/97.22%
3 108nt, >ERR345678.146372.1... at -/88.89%
4 108nt, >ERR765432.201531.2... at -/92.59%
5 108nt, >ERR765432.2770540.1... at -/87.04%
制表符分隔的表格(第二个文件)
ERR123456 1650
ERR345678 2350
ERR567890 1520
ERR876543 4520
ERR987654 3960
ERR765432 2550
我希望输出文件包含制表符分隔表的第二列中的值,该值位于包含其各自 RUN ID 的行旁边(表中的第一列)。
>Cluster 0
0 108nt, >ERR123456.1016542.1... * 1650 #matching RUN ID
1 108nt, >ERR123456.3114223.2... at +/93.52% 1650
2 108nt, >ERR345678.217087.1... at -/89.81% 2350
3 108nt, >ERR345678.291581.2... at -/92.59% 2350
4 108nt, >ERR567890.3381351.2... at +/87.96% 1520
5 108nt, >ERR987654.126640.2... at -/86.11% 3960
6 108nt, >ERR987654.2492930.2... at +/84.26% 3960
7 108nt, >ERR987654.3327702.1... at +/92.59% 3960
>Cluster 1
0 108nt, >ERR876543.626414.2... * 4520
1 108nt, >ERR123456.3213598.2... at +/85.19% 1650
2 108nt, >ERR567890.1158706.2... at +/97.22% 1520
3 108nt, >ERR345678.146372.1... at -/88.89% 2350
4 108nt, >ERR765432.201531.2... at -/92.59% 2550
5 108nt, >ERR765432.2770540.1... at -/87.04% 2550
【问题讨论】:
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请显示两个输入文件和预期的结果输出文件 - 全部作为文本,而不是图像。谢谢。
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我按照您的建议进行了编辑。谢谢@MarkSetchell
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请问结果会怎样?
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我看不到预期的输出文件:-/
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我在问题的最后做了解释。好的,我将添加一个示例。