从不同的行打印不同的字段答案

【问题标题】：Printing different fields from different lines从不同的行打印不同的字段
【发布时间】：2014-05-06 14:10:45
【问题描述】：

我有一个如下所示的文件

G1 A1 X 3 6 NA 7 NA NA NA 7 NA NA
G1 B1 X NA NA NA NA NA NA NA NA 7 6
G1 C1 X NA 1 3 4 NA NA NA NA NA NA
G2 D1 Y NA NA NA 1 NA NA NA NA NA NA
G2 E1 Y 2 NA NA NA NA NA NA NA NA NA
G2 F1 Y NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA
G1 G1 Y NA NA NA NA NA 8 7 NA NA NA
G2 H1 X NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA

现在我想打印那些不等于 NA 的字段。同样，我不想更改第一个三列格式，但之后我想打印以逗号分隔的剩余字段，我想要的输出文件为

G1 A1 X 3, 6, 7, 7 
G1 B1 X 7, 6
G1 C1 X 1, 3, 4
G2 D1 Y 1
G2 E1 Y 2 
G2 F1 Y 0 
G1 G1 Y 8, 7 
G2 H1 X

我试过了

sed 's/NA//g' file| sed 's/\t/ /g'| sed 's/ \+/, /g'

但它也改变了前三列的格式。你能为此提出一些建议吗？

谢谢

【问题讨论】：

标签： awk sed

【解决方案1】：

这里是awk

awk '{gsub(/ NA/,"");for (i=4;i<NF;i++) $i=$i","}1' file
G1 A1 X 3, 6, 7, 7
G1 B1 X 7, 6
G1 C1 X 1, 3, 4
G2 D1 Y 1
G2 E1 Y 2
G2 F1 Y 0
G1 G1 Y 8, 7
G2 H1 X

【讨论】：

【解决方案2】：

这已经够复杂了，我可以使用 perl。

perl -pe '
    chomp; s/\s+/ /g; s/ $//; s/^ //;
    my ($left, $right) = /(\S+ \S+ \S+) (.+)$/;
    $right =~ s/\bNA\b//g;
    $right =~ s/^ +//;
    $right =~ s/ +$//;
    $right =~ s/ +/, /g;
    $_ = "$left $right";
    s/ *$/\n/;
'

DTRT 在您的测试用例上，比我更聪明和/或更少困倦的人可能会稍微降低它。

【讨论】：

【解决方案3】：

这是使用awk的另一种方式：

awk '{gsub(/NA/,"");$1=$1;for(i=4;i<=NF;i++)$i=(i==NF?$i:$i",")}1' file
G1 A1 X 3, 6, 7, 7
G1 B1 X 7, 6
G1 C1 X 1, 3, 4
G2 D1 Y 1
G2 E1 Y 2
G2 F1 Y 0
G1 G1 Y 8, 7
G2 H1 X

或使用 GNU sed：

sed -e 's/\bNA\b//g' -e 's/ \+/ /g' -e 's/ *$//' -e 's/ /, /4g' file
G1 A1 X 3, 6, 7, 7
G1 B1 X 7, 6
G1 C1 X 1, 3, 4
G2 D1 Y 1
G2 E1 Y 2
G2 F1 Y 0
G1 G1 Y 8, 7
G2 H1 X

【讨论】：

【解决方案4】：

sed ':a
s/\(\([^]\{1,\} \{1,\}\)\{2\}[^ ]\{1,\}\)\(.*\) NA/\1\3/
t a
' YourFile

通常也应该使用通用类 [:blank:] 而不是空格字符（下面的代码），但奇怪的是在我的系统上失败了

sed ':a
s/\(\([^[:blank:]]\{1,\}[:blank:]\{1,\}\)\{2\}[^[:blank:]]\{1,\}\)\(.*\)[:blank:]NA/\1\3/
t a
' YourFile

【讨论】：