将文本添加到文本文件中的每 n 行答案

【问题标题】：prepend text to every n:th line in a textfile将文本添加到文本文件中的每 n 行
【发布时间】：2016-11-28 23:03:37
【问题描述】：

这个 sed 命令行脚本在文件的每一行添加文本：

sed -i 's/^/to be prepended/g' text.txt

我怎样才能让它只在每 n^th 行上这样做？

我正在处理测序数据，在“norma”多 fasta 格式中，首先有一个以 > 开头的标识符行，然后是其他文本。

下一行以“AATTGCC”等随机 DNA 序列开头，当该字符串完成其新行和新标识符后，我如何在序列行的开头添加文本（附加碱基）？

【问题讨论】：

Fasta 格式并不总是交替的标题/序列行，你不应该依赖它！只需使用只有标题行以'>'开头的事实

标签： sed bioinformatics

【解决方案1】：

只需使用以下 GNU sed 语法：

sed '0~Ns/^/to be prepended/'
#    ^^^
#    set N to the number you want!

例如，将 HA 附加到是 4 的倍数的行号：

$ seq 10 | sed '0~4s/^/HA/'
1
2
3
HA4
5
6
7
HA8
9
10

或者那些在4N+1 表格上的人：

$ seq 10 | sed '1~4s/^/HA/'
HA1
2
3
4
HA5
6
7
8
HA9
10

来自sed manual → 3.2. Selecting lines with sed：

第一步

这个 GNU 扩展匹配从 line first 开始的每个 stepth 行。特别是，当存在非负 n 时，将选择行，使得当前行号等于 first + (n * step)。因此，要选择奇数行，可以使用 1~2；从第二行开始每隔三行选择一次，将使用“2~3”；从第 10 行开始每隔 5 行选取一次，使用‘10~5’；而“50~0”只是表示 50 的一种模糊方式。

顺便说一句，全局替换不需要使用/g，因为^每行只能替换一次。

【讨论】：

【解决方案2】：

$ seq 10 | perl -pe's/^/to be prepended / unless $. % 3'
1
2
to be prepended 3
4
5
to be prepended 6
7
8
to be prepended 9
10
$ seq 10 | perl -pe's/^/to be prepended / unless $. % 3 - 1'
to be prepended 1
2
3
to be prepended 4
5
6
to be prepended 7
8
9
to be prepended 10
$ seq 10 | perl -pe's/^/to be prepended / unless $. % 3 - 2'
1
to be prepended 2
3
4
to be prepended 5
6
7
to be prepended 8
9
10

你有个主意。

【讨论】：

【解决方案3】：

seq 15|awk -v line=4  'NR%line==0{$0="Prepend this text : " $0}1'
1
2
3
Prepend this text : 4
5
6
7
Prepend this text : 8
9
10
11
Prepend this text : 12
13
14
15

【讨论】：