【问题标题】:R Travis CI error: Package suggested but not available: ‘ridge’R Travis CI 错误:建议的包但不可用:'ridge'
【发布时间】:2018-12-11 18:17:40
【问题描述】:

我正在尝试为我的一个 R 包运行 Travis CI。问题是构建失败并出现错误,指出包的一个依赖项不可用(名为“ridge”的包)

这里是错误日志:

* checking extension type ... Package
* this is package ‘imputeR’ version ‘2.1’
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... ERROR
Package suggested but not available: ‘ridge’
The suggested packages are required for a complete check.
Checking can be attempted without them by setting the environment
variable _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS_ to a false value.
See section ‘The DESCRIPTION file’ in the ‘Writing R Extensions’
manual.
* DONE
Status: 1 ERROR
See
 ‘/home/travis/build/SteffenMoritz/imputeR/imputeR.Rcheck/00check.log’
for details.
0.38schecking package dependencies ... ERROR
Package suggested but not available: ‘ridge’

这里也是 Travis 构建的链接: https://travis-ci.org/SteffenMoritz/imputeR/builds/436334069

Travis 无法使用的包是当前在 CRAN 上的普通包。这可能与岭所需的 Gnu Scientific Library 版本 >= 1.14 有关吗?我能以某种方式解决这个问题吗?

【问题讨论】:

标签: r travis-ci r-package


【解决方案1】:

你说得对,因为 ridge 需要一个外部库(Gnu Scientific Library),而 travis 上默认没有安装。

Travis CI docs详细解释如何安装外部包。

在你的情况下,你需要添加

addons:
  apt:
    packages: libgsl0-dev

致您的.travis.yml

【讨论】:

    【解决方案2】:

    找到了一个解决方案,让我们至少让 TRAVIS 完成检查

    您可以将其添加到 Travis 配置 yaml 文件中:

    env:
     global:
       - _R_CHECK_FORCE_SUGGESTS_: false
    

    据我了解,缺点是:根本不检查包含建议包的所有内容。所以解决方案并不完全令人满意。

    【讨论】:

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