Clean Install 上没有名为“GenomeInfoDbData”的包答案

【问题标题】：there is no package called ‘GenomeInfoDbData’ on Clean InstallClean Install 上没有名为“GenomeInfoDbData”的包
【发布时间】：2020-06-16 00:14:23
【问题描述】：

在 Sierra 上使用 R 4.0 进行清洁安装并开始重新安装软件包。我需要使用 DESeq2 并出现错误

> In install.packages(...) :
>  installation of package ‘GenomeInfoDbData’ had non-zero exit status

编译时出现这个错误：

> Loading required package: GenomicRanges Loading required package:
> GenomeInfoDb Error: package or namespace load failed for
> ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()),
> versionCheck = vI[[i]]):  there is no package called
> ‘GenomeInfoDbData’ Error: package ‘GenomeInfoDb’ could not be loaded

我安装了生物导体：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")

通过 BiocManager 进行 DESeq2：我尝试过 BiocManager::install("DESeq2") 和 BiocManager::install(c("GenomeInfoDb","GenoneInfoDbData")

当我安装时，它会打印出 'dbplyr'、'foreign'、'haven'、'httpuv'、'nlme'、'rtracklayer' 是旧包，无论我如何尝试更新它们，它的内容都是一样的警告。

提前致谢 -

【问题讨论】：

标签： r bioconductor

【解决方案1】：

我现在回到 R 3.6.1，它运行良好

【讨论】：