For 循环：处理不同文件夹中的文件 UNIX

Question

我试图通过查看类似主题来找到我的问题的答案，但没有成功。也许我忽略了。任何帮助表示赞赏！

所以，我的当前目录中有数百个文件夹，名称从 folder1000 到 folder1500。在每个文件夹中，我都有一个不同名称的 .fastq 文件（Lib1.fastq、Lib2.fastq 等）。我想通过运行 shell 脚本在一个循环命令中处理这些文件中的每一个。

这是我在终端中运行的一个文件的 shell 脚本 (script.sh)（它会创建进一步执行的输出）：

#!/bin/sh
bowtie --threads 4 -v 2 -m 10 -a genome Lib1.fastq --sam > Lib1.sam
samtools view -h -o Lib1.sam Lib1.bam
sort -k 3,3 -k 4,4n Lib1.sam > Lib1.sam.sorted
# ...etc

这是我试图在 shell 脚本中创建的循环（这里我只使用一个简单的检查“head”命令开始，并且只使用 5 个第一个文件夹），我从当前目录运行所有文件夹位于：

#!/bin/sh

for file in ./folder{1000..1005}
do
head -10 *.fastq
done

但结果我得到：

head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory

因此，即使是一个简单的检查命令也无法循环使用。不知何故，我看不到文件。但如果我直接在其中一个文件夹中运行命令：

MacBook-Air-Maxim:folder1000 maxim$ head -10 *.fastq

然后我得到正确的结果（显示文件的前 10 行）。

谁能建议以最方便的方式处理所有文件的方法？

非常感谢，非常抱歉，我只是学习。

Answer 1

好吧，您正在使用变量$file 遍历文件夹，但您没有在循环体中使用此变量。就用它吧：

#!/bin/sh

for file in ./folder{1000..1005}
do
    head -10 $file/*.fastq
done

总体问题中还有其他问题，但这是阻止您的问题的答案。让我们一一解决问题:-)