使用 R rmarkdown 渲染功能时如何抑制 pdfcrop 打印？答案

【问题标题】：How to suppress pdfcrop printing when using R rmarkdown render function?使用 R rmarkdown 渲染功能时如何抑制 pdfcrop 打印？
【发布时间】：2015-05-18 13:59:42
【问题描述】：

我在调用 R rmarkdown 渲染函数时尝试禁止打印到 pdfcrop 生成的 stdout 和 stderr 但不知道该怎么做。

我已经使用了 quiet 选项来禁止打印 pandoc 命令行执行，但它不会禁止打印 pdfcrop。

有人有解决办法吗？

这是我运行的脚本：

Rscript RNASeq_QC_run.R -v 1 --count ~/devel/R/projects/rnaseq_qc/data/DataTest_Count_expression_generic2.txt  --format generic --design ~/devel/R/projects/rnaseq_qc/data/DataTest_Design.txt --outdir test/out5 &>test/out5.log

这里是渲染函数的调用：

generic_report_path <- system.file("report", "QC_RNASeq_Count_generic.Rmd", package="qc4rnaseq")
generic_report_file <- paste(unlist(strsplit(basename(generic_report_path),".Rmd")), ".pdf", sep="")
render(input=generic_report_path, output_format="pdf_document", output_file=generic_report_file, output_dir=outdir_abs_path, intermediates_dir=outdir_abs_path, quiet=TRUE)

这里是test/out5.log的内容：stdout（常规）和stderr（粗体：**之间）输出

**cropping /private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf**
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf'.
**cropping /private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf**
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf'.
**cropping /private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf**
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out5/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf'.
Execution time :  7.120109 seconds

【问题讨论】：

标签： r pdf render crop r-markdown

【解决方案1】：

我找到了一种使用 suppressMessages 函数抑制消息的解决方案，即使它不会抑制所有消息，只抑制那些发送到标准错误的消息。

这是我的修改：

suppressMessages(render(input=generic_report_path, output_format="pdf_document", output_file=generic_report_f
ile, output_dir=outdir_abs_path, intermediates_dir=outdir_abs_path, quiet=TRUE))

现在所有发送到 stderr 的消息都被抑制了，但不是那些发送到我脚本的 stdout 的消息。

它仍然是那些与 pdfcrop 相关的打印：

PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out7/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-2-1.pdf'.
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out7/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-3-1.pdf'.
PDFCROP 1.38, 2012/11/02 - Copyright (c) 2002-2012 by Heiko Oberdiek.
==> 1 page written on `/private/tmp/qc4rnaseq_run/test/out7/QC_RNASeq_Count_generic_files/figure-latex/unnamed-chunk-4-1.pdf'.

【讨论】：

【解决方案2】：

在suppressMessages() 中封装render() 只会抑制plot_crop() 函数抛出的message("cropping ", x)。要同时隐藏pdfcrop 本身的输出，有必要在内部系统调用中设置ignore.stdout = TRUE。我刚刚在 GitHub 上以 knitr issue #1031 的身份提交了此功能请求。

【讨论】：

嗨，Wastl，感谢您的回答和有关 knitr 的报告。我找到了一个使用sink 的替代解决方案，方法是用 pre sink("/dev/null") 包围渲染调用以抑制输出和 post sink() 将输出重置为正常。我不会从系统调用中调用渲染函数。但我同意一个更方便的解决方案是按照您的要求为 plot_crop 函数提供一个安静的选项。

【解决方案3】：

对我有用（不是最漂亮的解决方案）是将函数分配给变量。它不会打印任何东西：

q = knitr::plot_crop(pdf_file,quiet = TRUE)

【讨论】：