在 python 中裁剪一个卷（二维切片堆栈）答案

【问题标题】：Cropping a volume (stack of 2D slices) in python在 python 中裁剪一个卷（二维切片堆栈）
【发布时间】：2018-12-18 23:26:38
【问题描述】：

例如，我有一组 3D 数据（MRI 体积）.nii 图像，形状为 98×240×342（98：切片、240：W 和 342：H）。卷的大小彼此不同。我想以某种方式对所有卷进行中心裁剪，如果宽度或高度小于 256，则该尺寸用零填充。我知道这可以通过单独应用于每个切片来完成，但是，我想问是否有医学图像分析工具可以在一个体积中裁剪宽度和高度？

谢谢

【问题讨论】：

看看 scikit-image，里面应该有这个功能。 scipy-lectures.org/packages/scikit-image

标签： python image-processing vtk itk

【解决方案1】：

ITK，n 维库可以满足您的需求。它有pad 和crop 过滤器。如果不清楚如何使用，可以看看documentation。

【讨论】：

非常感谢您的帮助。

【解决方案2】：

我找到了center cropping in SO 的简单方法，它适用于 N 维数组。 @Losses Don 响应，这是一种巧妙的中心裁剪方式。填充部分，我添加了我自己。

def cropND(img, bounding):
    start = tuple(map(lambda a, da: a//2-da//2, img.shape, bounding))
    end = tuple(map(operator.add, start, bounding))
    slices = tuple(map(slice, start, end))
    return img[slices]

【讨论】：