抽样误差 - Stan 中的基本回归模型答案

【问题标题】：Sampling Error - Basic Regression Model in Stan抽样误差 - Stan 中的基本回归模型
【发布时间】：2013-02-23 02:42:37
【问题描述】：

我正在尝试如何学习 Stan，并刻意做一些简单的问题来让自己跟上进度。在尝试运行简单的二元回归时，我非常卡在第 1 级。

我有以下格式的数据

stan_data <- list("y"=y, 
                  "year"=year,
                  "N_obs" = N_obs)

完整的数据粘贴在这篇文章的底部，不碍事。

无论如何，我用于二元回归的 stan 代码如下所示。

lm <- "data {
            int<lower=1> N_obs;      
            real year[N_obs];
            real y[N_obs];
            }
        parameters {
            real alpha;
            real beta;
            real<lower=0> sigma;
         } 

         transformed parameters{ 
         }

         model {
             vector[N_obs] mu_hat;

             alpha ~ normal(0, 100);
             beta ~ normal(0, 100);
             sigma ~ uniform(0, 100);

             for(i in 1:N_obs){
                 mu_hat[i] <- alpha + beta * year[i];
                 y[i] ~ normal(mu_hat[i], sigma);
             }
        }"


write(lm, file="lm.stan")


lm.fit0 <- stan(file="lm.stan",
            data=stan_data, 
            chains=1, 
            iter=5000)

首先，我有一个问题。为什么我们在模型块 vector[N_obs] mu_hat; 中有语句（而不是转换参数块中的 real mu_hat[N_obs];）？从一点谷歌搜索来看，这似乎是你需要做的。

其次（更严重的是），当我尝试运行代码时，我收到以下错误：

TRANSLATING MODEL 'lm' FROM Stan CODE TO C++ CODE NOW.
COMPILING THE C++ CODE FOR MODEL 'lm' NOW.
SAMPLING FOR MODEL 'lm' NOW (CHAIN 1).
Error : Error in function stan::prob::normal_log(d): Random variable is nan, but must not be nan!
In addition: Warning message:
In storage.mode(x) <- "integer" : NAs introduced by coercion
error occurred during calling the sampler; sampling not done

像往常一样，非常感谢任何帮助。

数据实际上是这样的：

stan_data $y 42089728 9339536 9781184 138361088 30910448 30411792 629997056 21062368 1167006 7631744 6925444 5893008 35743680 -55904 116299776 966712 178152 19397504 101188992 1536242176 44078264 1243806 105937664 43202352 -4213172 40201728 84412544 16671128 0 19432968 44403296 89021120 33442736 5850532 68061664 0 86286272 636771072 65779408 6416524 25559184 0 0 11437649 128506560 26867136 1646992 -16684608 43974528 6812660 0 0 -906249 17730360 6571846 -14056304 -2317026 29722656 43035904 70388248 -202987 24308224 0 19598944 25241600 31093140 172198080 68365824 -15307088 345229424 0 91912288 6387084 6936104 362958976 10828080 34233728 465616896 185831488 4554222 14789792 19448168 27692960 88308096 75171552 -246307584 11228152 8361832 2265296 172424512 1182046720 22629408 1165429 348064512 77001792 11092408 84706848 -19970752 -2386432 66124424 19266104 72069984 14311872 -1680048 509040 188740112 318636288 170175680 -244937216 16264160 6017916 327072 159117760 0 8156479 320665728 36684736 17502416 29556064 47395008 12937934 168051632 0 892982 10329560 1355983 -4529648 -43117 -10704432 226641152 23704368 -3433973 -73329408 0 3594688 51327088 59915116 293390016 382384192 -12102624 -336263424 0 -24685504 -899952 10155976 218019584 48748112 30058752 1842414592 44083792 5092000 24174848 10985128 33436544 159885024 36513376 140204416 12631560 8951732 25929808 353803264 3143784448 60253136 702773 506841344 38420128 11721112 92972608 60845840 30016168 37990192 -6470864 78287520 21554528 29755168 3766984 35639136 26794784 583849280 267967488 37916960 11501600 22704880 133042624 513627 3389580 289430272 21665616 85471472 39646656 116267616 -13407846 15678080 27691000 682450 9635360 580544 16791136 793524 38486832 -79701376 -63242544 2160139 202091584 300 60001872 120758144 50716744 13548672 623414144 21202400 0 0 17696512 -5566584 -3197064 201575680 34187360 50923296 1267788800 28845072 1021406 20589376 5255816 19726800 43046336 84012320 93750016 1549232 4102708 20721248 36500736 5098330112 -20425392 781041 247644672 28292416 21682296 52508672 38884352 57993648 953560 1437008 81498304 86611584 23846608 5454052 37785760 99136512 58742016 1308937472 37354624 14447532 19370288 81054432 108383989 5834392 196654592 -37886048 199787840 -38083360 -19815904 1496112 7065456 30429000 -190947 3102040 5150997 6569152 711859 42429536 148236256 70894720 -888473 62231296 15503290 -17289808 106739712 -46661248 -185851136 602047616 15609200 940000 0

$year
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4

$N_obs
284

【问题讨论】：

更新说，我认为问题可能不在于我的代码。当我对部分数据集进行分析时，选择前 150 个观察值，它运行良好。当我尝试用我的整个数据集来做这件事时，它会爆炸。也就是说，在我看来，我的数据格式正确，因此我们将不胜感激任何对此的见解。
对于您的第一个查询， mu 可以声明为向量（如您所做的那样）或一维数组（如您所推测的那样）。在您的示例中，这无关紧要。一般来说，向量可以用于线性代数运算，而数组则不能。

标签： stan

【解决方案1】：

请看https://groups.google.com/d/msg/stan-users/fsM8GPG4cpM/YVedcWYcmW8J

简而言之，这是 RStan 中的一个错误，它试图将整数数据的存储模型转换为整数。但是这里的整数太大了，所以创建了一些 NA。将在下一个版本中修复。

【讨论】：