MATLAB 读取 pdb 文件的特定字段答案

【问题标题】：MATLAB reading specific fields of a pdb fileMATLAB 读取 pdb 文件的特定字段
【发布时间】：2016-05-24 04:18:28
【问题描述】：

我必须在 MATLAB 中进行编码。我的问题是我想提取仅对应于 PDB 文件中某些残基的某些原子的坐标。例如，我想提取 PDB 文件中存在的所有丙氨酸的 CA 原子的坐标。我尝试使用 find(strcmp(atoms,'CA')) 但它给了我所有的 CA 原子而不是丙氨酸的 CA。如何在 MATLAB 中解决这个问题？请帮忙。谢谢你。

【问题讨论】：

标签： matlab coordinates

【解决方案1】：

我对@987654325@ 文件的了解是我今天在http://www.wwpdb.org/index 和这里(http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/v3.3.html) 所读到的。

我已经使用 MatLab 帮助提供的示例来读取 PDB 文件。

根据从PDB文件中读取的数据结构和文件格式的描述，在我看来你要找的数据是包含在Model.Atom字段中的。

更准确地说（glf 是 pdbread 函数读取的结构的名称）：

gfl.Model.Atom(:).AtomName
gfl.Model.Atom(:).resName
gfl.Model.Atom(:).X
gfl.Model.Atom(:).Y
gfl.Model.Atom(:).Z

如果是这样，为了识别Alcaline 的原子“CA”，您可以使用find 和strcmp 函数的组合，如下所示：

pos=find(strcmp({gfl.Model.Atom(:).AtomName},'CA') & ...
   strcmp({gfl.Model.Atom(:).resName},'ALA'))

输出数组pos 包含您要查找的原子的索引。

要提取坐标，您可以按如下方式使用该索引：

X=[gfl.Model.Atom(pos).X]
Y=[gfl.Model.Atom(pos).Y]
Z=[gfl.Model.Atom(pos).Z]

您可以通过将“原子名称”和残基名称定义为参数来使代码更“通用”。

在下面，您可以找到完整的脚本，基于 MatLab 提供的示例文件。

% Generate a PDB file (example from MatLab help)
gfl = getpdb('1GFL','TOFILE','1gfl.pdb')
% Read the PDB file
gfl = pdbread('1gfl.pdb')


% Define the Atom Name
atom_name='CA';
% Define the Residue Name
res_name='ALA';
% Search for the couple "Atom name - Residue Name"
pos=find(strcmp({gfl.Model.Atom(:).AtomName},atom_name) & ...
   strcmp({gfl.Model.Atom(:).resName},res_name))

% Extract the coordinates of the Atoms matching the search criteria
X=[gfl.Model.Atom(pos).X]
Y=[gfl.Model.Atom(pos).Y]
Z=[gfl.Model.Atom(pos).Z]

希望这会有所帮助。

【讨论】：