让 dockerized 闪亮的应用程序访问本地卷答案

【问题标题】：Give dockerized shiny application access to local volumes让 dockerized 闪亮的应用程序访问本地卷
【发布时间】：2020-03-04 12:21:49
【问题描述】：

我有一个使用 Docker 容器化的闪亮应用程序。在闪亮的应用程序中，我使用shinyFiles 库来允许用户选择和上传目录。

我的 server.R 文件如下所示：

shinyServer(function(input, output, clientData, session) {
    volumes <- c("Home (~)" = '~', "Current directory" = getwd(), "Root (/)" = '/')
    shinyDirChoose(input, 'resultsLocation', roots=volumes, session=session)
})

我的 ui.R 文件看起来像这样：

library(shiny)
library(shinyFiles)
shinyUI(fluidPage(
    shinyDirButton('resultsLocation', 'Browse...', title = 'Select a directory')
))

如果我通过 R 在本地运行应用程序，这很好，但是，如果我构建并运行 docker 容器，用户将无法访问其本地卷，而是卡在 docker 容器中。

我按照 this 指南设置了我的 docker 容器（添加了运行 chmod +x shiny-server.sh 以使文件可执行）并且卷以外的所有内容都在工作。我的 Dockerfile 看起来像这样：

# Install R version 3.6.0
FROM r-base:3.6.0

# Install Ubuntu packages
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    sudo \
    gdebi-core \
    pandoc \
    pandoc-citeproc \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libcairo2-dev/unstable \
    libxt-dev \
    libssl-dev

# Download and install ShinyServer (latest version)
RUN wget --no-verbose https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os-build/ubuntu-12.04/x86_64/VERSION -O "version.txt" && \
    VERSION=$(cat version.txt)  && \
    wget --no-verbose "https://s3.amazonaws.com/rstudio-shiny-server-os-build/ubuntu-12.04/x86_64/shiny-server-$VERSION-amd64.deb" -O ss-latest.deb && \
    gdebi -n ss-latest.deb && \
    rm -f version.txt ss-latest.deb

# Install R packages that are required
RUN R -e "install.packages('shiny')"
RUN R -e "install.packages('shinyFiles')"

# Copy configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.conf  /etc/shiny-server/shiny-server.conf
COPY /app /srv/shiny-server/

# Make the ShinyApp available at port 3838
# EXPOSE 3838

# Copy further configuration files into the Docker image
COPY shiny-server.sh /usr/bin/shiny-server.sh

# Allow permissions
RUN chown -R shiny:shiny /srv/shiny-server

CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

我构建并运行容器：

docker build -t shiny_docker_test . ; docker run -p 3838:3838 shiny_docker_test

所以，我的问题是：如何通过带有 shinyFiles 的 dockerised shiny 应用程序访问我的本地文件系统/卷？我确信有一个简单的解决方案，但我对所有这些东西都不熟悉。

【问题讨论】：

标签： r docker shiny dockerfile

【解决方案1】：

使用 docker 卷功能。例如：在命令行中 -v 用于将容器目录与主机目录映射

docker -v full_path_on_host:full_path_inside_container

同样，在处理 docker 文件时，同样的东西有 VOLUME 关键字。

【讨论】：

所以如果我将-v $HOME:$HOME 添加到docker run 命令它可以工作，但我如何在Dockerfile 中执行此操作？
@oska 你可以在哪里解决你的问题，或者我应该进一步帮助你吗？
我能够按照您的建议进行操作并使用 -v $HOME:/srv/shiny-server/home 上传文件，然后在 server.R 文件中，我将主卷更改为 "Home (~)" = "/srv/shiny-server/home"。但是，在我的应用程序中，我将内容保存到主目录（例如pdf("/srv/shiny-server/home/plot.pdf", ...)），但这似乎不起作用。这可能是权限问题，但我不知道如何判断。我知道这是一个稍微不同的问题，但我会感谢您的帮助。
您可以使用 docker exec -it /bin/bash ssh 进入 docker 容器
进入容器后，您可以尝试在那里创建文件，一旦使用超级用户，一旦使用应用程序用户，我确信您的应用程序没有权限在那里创建文件，并且那些您将手动创建将反映在外面。