绘制像 Gephi Force Atlas 2 这样的 igraph 网络答案

【问题标题】：Plot igraph network like Gephi Force Atlas 2绘制像 Gephi Force Atlas 2 这样的 igraph 网络
【发布时间】：2016-01-15 01:00:35
【问题描述】：

我有一个具有以下特征的网络（igraph）：

>g
IGRAPH DN-- 3370 16699 --
+ attr: name (v/c), grupo (v/n), year (v/n), grupo.freq (v/n),
  grupo.perc (v/n), vertex.frame.size (v/n), color (v/c),
  vertex.frame.color (v/c), grupo (e/n), year (e/n), color (e/c)

进行聚类后有以下组：

>table(V(g)$grupo)
   1    2    8
1516 1367  487

我对可以突出组之间关系的视图感兴趣(V(g)$grupo)。我使用软件Gephi 和布局Force Atlas 2 到下一张图片： http://i.imgur.com/VbcsHtl.png

我的问题是，如何在 R 中得到类似的结果？

我正在使用以下代码：

colbar <- rainbow(length(table(V(g)$grupo)))
V(g)$color <- colbar
E(g)$color <- colbar
V(g)$vertex.frame.color <- colbar
V(g)$vertex.frame.size <- 0.1

plot.igraph(
            g,
            layout=layout.fruchterman.reingold.grid,
            vertex.label=NA,
            vertex.size=1,
            edge.lty=1,
            edge.arrow.size=0.0000001
            )

点击链接下载我在csv或Rdata中使用的数据： http://www.datafilehost.com/d/855e3e86

【问题讨论】：

这个question 可能会有所帮助。您或许可以调整该方法以适合您的情况。

标签： r plot igraph gephi

【解决方案1】：

首先，获取 ForceAtlas2 包。

install.packages("devtools")
if (!require("ForceAtlas2")) devtools::install_github("analyxcompany/ForceAtlas2")
library("ForceAtlas2")

然后，要使用布局 l 渲染图形 g，请执行以下操作（此处包含所有可用的布局参数）：

g <- erdos.renyi.game(1000, 1/1000)
l <- layout.forceatlas2(g, directed=TRUE, iterations = 100, 
                           linlog = FALSE, pos = NULL, nohubs = FALSE, 
                           k = 400, gravity=1, ks=0.1, ksmax=10, delta = 1,  
                           center=NULL, tolerance = 0.1, dim = 2,
                           plotstep=10, plotlabels=TRUE)
plot(g,layout=l)

如果您愿意，可以向绘图函数提供 vertex.size = 3, vertex.color = "red" 等选项。

【讨论】：

【解决方案2】：

现在可以使用 R 中的代码来生成 Force Atlas 2 布局：https://github.com/adolfoalvarez/Force-Atlas-2

布局尚未开发为包，因此您需要将代码源代码到 R 中，并使用“igraph”包。

这个用法是：

library(igraph)
g <- graph.ring(100)
layout.forceatlas2(g, iterations=10000, plotstep=500)

【讨论】：

【解决方案3】：

现在@ciberalcito 提到的 ForceAtlas2 函数在 R 包中实现。请查看https://github.com/analyxcompany/ForceAtlas2

【讨论】：

您打算将此包提交给 CRAN 吗？