【问题标题】:how to place the colokey on the right and make it bigger in heatmap.2?如何将colokey放在右侧并在heatmap.2中使其更大?
【发布时间】:2015-07-15 01:16:00
【问题描述】:

我正在使用 heatmap.2 来获得一个三角形热图(矩阵的上部被删除)。

我使用了以下代码: my_data_t <- t( as.matrix(my_data) )

`cor.matrix <- cor( my_data_t, method = "spearman")`

`cor.matrix[upper.tri( cor.matrix )] <- NA`

`my.col <- c( "blue", "green", "yellow", "orange", "red" )`

`my.breaks <- c( 0, 0.2, 0.6, 0.8, 1 )`

`hm2 <- heatmap.2( cor.matrix, scale="none", Rowv=NA, Colv=NA, 
                  col=my.col, breaks=my.breaks, margins(5,5),
                  cexRow=0.5,cexCol=1.0,key=TRUE,keysize=1.5, 
                  trace="none")`

my_data 是这样的: my_data <- "Taxon NO8.4 NO6.1 NO7.3 NO9.4 N09.7 a 0.1 0.05 0.01 0.2 0.06 b 0.0 0.8 0.8 0.0 0.0 c 0.7 0.0 0.0 0.0 0.1 d 0.0 0.01 0.08 0.0 0.09 e 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 f 0.09 0.05 0.01 0.04 0.0 g 0.07 0.7 0.0 0.01 0.08"

现在我想在热图右侧设置颜色键,并且我想将其放大(作为热图右侧的条,只要这个)。 在heatmap.2函数中可以吗??

我也尝试使用legend() 命令,但在我看来它只能生成框图例,每种颜色都有一个框,所以没有唯一的侧边栏,对吧??

【问题讨论】:

  • 您可能还记得昨天,您被要求提供minimal, reproducible data set 以及您尝试过的代码。今天同样的请求也适用。谢谢。
  • 对不起...但我没有找到如何上传文件...

标签: r heatmap color-key


【解决方案1】:

在此处查看答案: Moving color key in R heatmap.2 (function of gplots package)

不幸的是,您无法做的是旋转密钥,这似乎是您在这种情况下想要做的事情。

【讨论】:

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