【问题标题】：How to limit the number of iterations the pam function from cluster library does?如何限制集群库中的 pam 函数的迭代次数？
【发布时间】：2019-09-06 08:47:15
【问题描述】：

如何减少集群包中PAM聚类算法的迭代次数？

我正在尝试制作几个显示 pam 工作原理的图，因此尝试将迭代次数减少到 2。我已将 cluster repo 克隆到我的工作目录，在那里我编辑了 pam.q 文件（目录 ./cluster/R) 使 nMax 等于 2。

# original
nMax <- 65536 # 2^16 (as 1+ n(n-1)/2 must be < max_int = 2^31-1)

# modified 
nMax <- 2

但是，即使没有对原始文件进行任何更改，pam 算法也无法运行。如果我通过输入 library(cluster) 来加载它，它会按预期工作，但是这样我就无法操纵迭代次数。

我想要实现的示例代码如下所示：

# -- Working code --
library(datasets)
data(iris)
library(cluster)

df <- data.frame(iris$Petal.Length, iris_modified$Petal.Width)
pam.res <- pam(df, k = 2)
pam.res

# -- Failing Code --
library(datasets)
data(iris)
source("./cluster/R/pam.q")

df <- data.frame(iris$Petal.Length, iris_modified$Petal.Width)
pam.res <- pam(df, k = 2)
pam.res

这是我在运行上面的“失败代码”时遇到的错误：

pam 中的错误（clust_ex，k = 2）：找不到对象 'cl_Pam'

当我直接链接 pam.q 文件而不是加载库时，我希望得到与工作代码相同的输出。

我在导入 q 文件的方式上是否有什么做得不对的地方？还是有其他方法可以改变 pam 算法执行的迭代次数？

【问题讨论】：

标签： r cluster-analysis

【解决方案1】：

Nmax 是对象的最大数量。

不是最大迭代次数。

仅仅修改.q文件也是不够的。

使用 ELKI 可能更容易做到这一点......

【讨论】：

您能详细说明一下吗？我找不到一个叫 elki 的包。如果您能提供一个简短的例子，我将不胜感激。
R 之外也有生命。