使用 reticulate::use_virtualenv 加载包失败

Question

我一直试图通过 R reticulate 运行一些 python 代码，但没有成功。我尝试创建一个虚拟环境并在其中安装两个包：numpy 和一个名为scrublet 的GitHub 包。

library(reticulate)
if(!"r-scrublet" %in% virtualenv_list()) {
  virtualenv_create("r-scrublet")
  virtualenv_install("r-scrublet", c("numpy","git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git"))
}
use_virtualenv(virtualenv = "r-scrublet", required = T)

然后我想激活环境并在其上运行代码。当我运行 py_discover_config() 时，我得到了输出：

python:         C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Scripts/python.exe
libpython:      C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Scripts/python36.dll
pythonhome:     C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet
version:        3.6.4 (v3.6.4:d48eceb, Dec 19 2017, 06:54:40) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          C:/Users/gilad/Documents/.virtualenvs/r-scrublet/Lib/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.1

NOTE: Python version was forced by use_python function

这似乎是我想要的。问题是我似乎无法真正使用这个环境。如果我测试天气 numpy 是否可用 (py_numpy_available()) 我得到了，当我尝试任何 import 语句时（无论是已安装的软件包之一，甚至是像 os 这样的东西）R 崩溃：

R 会话中止。 R 遇到致命错误。会话已终止

我尝试了不同的网状手册（here 和 here）和不同的 git 问题或 SO 问题，但仍然无法弄清楚。

Answer 1

从您提供的安装路径来看，您使用的是 Windows。
如果你参考virtualenv doc：

Windows 不支持虚拟环境功能（Windows 推荐使用conda environments）。

试试：

library(reticulate)
conda_create("r-scrublet")
conda_install(envname="r-scrublet", packages ="numpy","pip","git")

conda_python(envname =  "r-scrublet")

scrublet.git 可以通过从r-scrublet 环境根文件夹运行来添加：

Scripts\pip install git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git

或直接来自 R：

conda_install(envname='r-scrublet','git+https://github.com/AllonKleinLab/scrublet.git',pip=T)

只要您应用此patch。为避免补丁，您可以将\r-scrublets\Library\bin添加到系统路径。

---

为了sn-p的完整性，一旦设置准备好，指定它的使用者：

use_miniconda("r-scrublet", required=T)
scrub <- import("scrublet")