如何使用 cygwin 编译和使用 samtools

Question

我需要一些帮助来解决这个问题。在 Cygwin（windows 8 64 位）下编译 Samtools 时出现错误。

我收到以下消息：

管理员@用户 ~/samtools-0.1.19

$ make    
make[1]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
make[2]: Entering directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'    
gcc -c -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -DBGZF_CACHE -I. bgzf.c -o bgzf.o    
In file included from bgzf.c:32:0:    
bgzf.h:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory    
#include <zlib.h>        
^         
compilation terminated.    
Makefile:56: recipe for target 'bgzf.o' failed    
make[2]: *** [bgzf.o] Error 1
make[2]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'lib-recur' failed
make[1]: *** [lib-recur] Error 1
make[1]: Leaving directory '/cygdrive/c/Users/ADMIN/Cygwin/home/samtools-0.1.19'
Makefile:27: recipe for target 'all-recur' failed
make: *** [all-recur] Error 1 

请告诉我出了什么问题以及我需要如何纠正它。我尝试对 Makefile 进行一些更改，例如 将 -D_CURSES_LIB=1 更改为 -D_CURSES_LIB=0 将 "LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses" 更改为 "LIBCURSES= # -lcurses # -lXCurse

错误信息仍然存在，请帮助..

Answer 1

我遇到了同样的问题，通过以下步骤解决了：

启动Cygwin Installer，在“Select Package”页面，搜索并安装gcc-g++、gdb、make、libncurses、zlib、zlib-devel。

下载并提取 samtools。

将-Dexpl=exp -Dlogl=log追加到Makefile默认的DFLAGS行，如：

DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -Dexpl=exp -Dlogl=log

运行 make clean 以清理以前的构建尝试。

然后运行make。

将 samtools.exe 和 misc 文件夹复制到系统路径。或者对于 samtools 1.0 或更高版本，运行make install。

请注意：samtools 现在位于version 1.1。你应该先试试。

更多信息请访问my blog。