在哪里将 samtools 二进制文件复制到某些目录答案

【问题标题】：where to copy samtools binary to some directories在哪里将 samtools 二进制文件复制到某些目录
【发布时间】：2020-09-17 23:00:08
【问题描述】：

我正在我的 Mac OS X 上安装袖扣，下面是说明：

http://cufflinks.cbcb.umd.edu/tutorial.html

在安装 SAM 工具下，我按照以下说明进行操作

下载 SAM 工具
将 SAM 工具 tarball 和 cd 解压到 SAM 工具源目录。
通过在命令行输入 make 来构建 SAM 工具。
选择您希望将 SAM 工具二进制文件、包含的库 libbam.a 和库头文件复制到其中的目录。一个常见的选择是 /usr/local/。
将 libbam.a 复制到您在上面选择的文件夹中的 lib/ 目录中（例如 /usr/local/lib/）
在 include/ 目录中创建一个名为“bam”的目录（例如 /usr/local/include/bam）
将标头（以 .h 结尾的文件）复制到您在上面创建的 include/bam 目录（例如 /usr/local/include/bam）
将 samtools 二进制文件复制到 PATH 中的某个目录。

我已经完成了前 7 个步骤，但我不确定如何进行最后一步（#8）：我应该使用命令：

sudo cp -a samtools-0.1.18 /usr/local/

或进入其他目录？第 8 步中的 PATH 表示什么？谢谢！

【问题讨论】：

标签： linux bioinformatics samtools

【解决方案1】：

为了回答您的问题，我将介绍一些有助于我理解二进制文件及其位置的基本 linux 知识。

在 linux 中，您可以通过输入二进制文件的完整路径来运行二进制文件，然后二进制文件就会运行。例如，如果我在/usr/local/bin 中有一个名为foo 的二进制文件，我将运行命令/usr/local/bin/foo 并运行foo 二进制文件。

PATH 的目的是一种快捷方式，这样您就无需输入二进制文件的完整路径，只需输入二进制文件的名称即可。 PATH 是一个变量，其中包含您希望应用快捷方式的二进制文件的所有目录。因此，参考前面的示例，如果 /usr/local/bin 在我的 PATH 变量中，那么我可以运行 foo。

所以，要回答您的问题，您可以通过运行命令 echo $PATH 来判断 PATH 中的哪些目录，并且如果其中一个目录是您的 samtools 二进制文件所在的位置，那就太好了！如果没有，您可以将您的 samtools 二进制文件移动到这些目录之一，这样您就不必在每次运行二进制文件时都输入完整路径。

【讨论】：