在 Python 中从 .mat（8.1 版）结构访问数据

Question

我有一个 Matlab（.mat，版本 >7.3）文件，其中包含一个结构（数据），该结构（数据）本身包含许多字段。每个字段都是一个单列数组。每个字段代表一个单独的传感器，数组是时间序列数据。我正在尝试在 Python 中打开此文件以进行更多分析。我正在使用 PyTables 读取以下数据：

import tables
impdat = tables.openFile('data_file.mat')

这会读入文件，我可以输入 fileObject 并使用以下方法获取每个字段的名称：

impdat.root.data.__members__

这会打印一个字段列表：

['rdg', 'freqlabels', 'freqbinsctr',... ]

现在，我想要一种方法来获取数据中的每个字段，并以字段名称作为键（如果它是字典）和相应的数组作为其值来创建一个 python 变量（可能是字典）。我可以通过这样做来查看数组的大小，例如：

impdat.root.data.rdg

返回这个：

/data/rdg (EArray(1, 1286920), zlib(3))
atom := Int32Atom(shape=(), dflt=0)
maindim := 0
flavor := 'numpy'
byteorder := 'little'
chunkshape := (1, 16290)

我的问题是如何访问存储在该大数组 (1, 1286920) 中的一些数据。如何将该数组读入另一个 Python 变量（列表、字典、numpy 数组等）？任何想法或指导将不胜感激。

Answer 1

我想出了一个可行的解决方案。它不是很优雅，因为它需要评估。因此，我首先为要访问的数据创建一个新变量（alldata），然后创建一个空字典数据结构，然后循环遍历所有数据成员并将数组分配给字典中的相应键：

alldata = impdat.root.data
datastruct = {}
for names in impdat.rood.data.__members___:
    datastruct[names] = eval('alldata.' + names + '[0][:]')

根据尝试访问的数据结构，“[0]”可能是多余的。在我的情况下，数据存储在数组的数组中，我只想要第一个。如果您提出更好的解决方案，请随时分享。

Answer 2

我似乎无法复制您的代码。尝试打开使用表在 8.0 中创建的文件时出现错误。

如果您将结构中的变量保存到一个新的 mat 文件中，该文件只包含一组变量，怎么样？这将使它更容易处理，并且已经非常雄辩地回答了here。

这表明作为数组的 mat 文件只是可以读取的 hdf5 文件：

import numpy as np, h5py 
f = h5py.File('somefile.mat','r') 
data = f.get('data/variable1') 
data = np.array(data) # For converting to numpy array

不确定您正在使用的数据集的大小。如果它很大，我相信我可以想出一个脚本来将字段从结构中拉出来。我确实找到了this tool，这可能会有所帮助。它递归地获取所有结构字段名称。