如何绘制离散类别的频率？

Question

您好，我有一个如下所示的数据框：

    Seq     H   E   T   C
1   Seq_1   2   1   5   4
2   Seq_2   2   1   5   4
3   Seq_3   2   1   5   4
4   Seq_4   0   0   6   6
5   Seq_5   0   4   2   6    

其中 H、E、T 和 C 表示每个序列中这些特征的计数。

我正在尝试构建一个折线图，其中每条线应代表一个序列。 X 轴是特征（H、E、T、C），Y 轴是其对应的计数，因此线条将显示每个序列中计数的变化。

我该怎么做？我已经搞砸了很多事情，但无法做到！

Answer 1

ggplot 的诀窍在于它希望数据为“长”格式。使用melt 以这种格式获取它通常是最容易的。一旦融化，它就变成了一个练习，可以根据您想要查看的情节指定情节。这是一个例子：

txt <- "    Seq     H   E   T   C
1   Seq_1   2   1   5   4
2   Seq_2   2   1   5   4
3   Seq_3   2   1   5   4
4   Seq_4   0   0   6   6
5   Seq_5   0   4   2   6 "

dat <- read.table(textConnection(txt), header = TRUE)
library(ggplot2)

dat.m <- melt(dat)


ggplot(dat.m, aes(variable, value, group = Seq, colour = Seq)) + 
  geom_line()

这会导致 Seq_1 - Seq_3 出现一些过度绘图问题，因此您可能需要考虑放弃颜色和分面：

ggplot(dat.m, aes(variable, value, group = Seq)) + 
  geom_line() + 
  facet_wrap(~Seq)

当您有 100 多个序列要查看时，分面显然变得不那么有用了。