在 R 图中将点压缩到绘图轴内

【问题标题】：Squish points to within plot axes in R plot在 R 图中将点压缩到绘图轴内
【发布时间】：2019-07-31 19:22:47
【问题描述】：

我正在 R 中制作火山图。我有大量的 pvalues 和 log2fold 变化。我设置了 xlim 和 ylim，因为我想专注于情节的中心区域。但是，自然地设置我的限制会排除我的一些数据。我希望在我的限制范围内显示我的轴限制之外的数据。因此，例如，4 的倍数变化将显示为我的 xlim 2 之外的一个点。

with(mydata, plot(ExpLogRatio, -log10(Expr_p_value), pch=20, main = "Volcano Plot",xlim=c(-2,2),ylim=c(0,40)))

这可行，但会删除我的一些数据点（那些倍数变化大于 2 且小于 -2 且 pvalue 小于 -log10(40) 的数据点

【问题讨论】：

能否提供样本数据？也许dput(head(mydata,n=10)) （或尽可能多的行和列，以充分在不淹没问题/屏幕的情况下理解要点）。

标签： r bioinformatics

【解决方案1】：

如果我理解正确，我会使用 pmin 和 pmax 来限制您的值，例如：

values = seq(-3, 3, len=21)
pmin(pmax(values, -2), 2)

回馈：

 [1] -2.0 -2.0 -2.0 -2.0 -1.8 -1.5 -1.2 -0.9 -0.6 -0.3  0.0  0.3  0.6  0.9  1.2
[16]  1.5  1.8  2.0  2.0  2.0  2.0

即它的值限制在 (-2, +2) 范围内。

将此应用于您的数据，您将执行以下操作：

with(mydata, {
  lratio <- pmin(pmax(ExpLogRatio, -2.1), 2.1)
  pch <- ifelse(ExpLogRatio == lratio, 20, 4)
  plot(lratio, -log10(Expr_p_value), pch=pch, ylim=c(0, 40))
})

您可能希望设置 xlab 和 main 来设置标题，但我没有将其包括在内以保持答案更整洁。将其扩展到 y 轴显然也很容易

请注意，我还更改了绘图点样式以指示哪些点被截断

【讨论】：