在 Fisher 检验 R 中将优势比和 CI 与 p 值相结合答案

【问题标题】：Integrate odds ratio and CI with p-value in Fisher test R在 Fisher 检验 R 中将优势比和 CI 与 p 值相结合
【发布时间】：2020-08-22 02:32:30
【问题描述】：

对于矩阵的每一行，我想计算 p 值、优势比和优势比的 95% CI。我可以按如下方式计算 Fisher p 值：

df <- read.table(text="
          h_p    d_p    h_a    d_a
                  bgc1    0         10          1        3
                  bgc2    0          0          5           25
                  ", header=T, row.names=1)
Fisher_output<-data.frame(apply(df, 1, 
      function(x) {
        tbl <- matrix(as.numeric(x[1:4]), ncol=2, byrow=T) # converting each matrix row to contingency tables
        fisher.test(tbl, alternative="two.sided")$p.value
      }))

我希望我的最终输出格式为：

P-value OR  95%_CI
BGC1    xxx yyy zzz1-zzz2
BGC2

谢谢。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

我们可以从broom中提取带有tidy的组件

library(dplyr)
library(broom)
apply(df, 1, function(x) {
   tbl <- matrix(as.numeric(x[1:4]), ncol=2, byrow=T)
  ft <- fisher.test(tbl, alternative="two.sided")
  tidy(ft) %>% 
     select(estimate, p.value, conf.low, conf.high) }) %>% 
 bind_rows(.id = 'grp')

【讨论】：