在 rpy2 中捕获 R 错误答案

【问题标题】：Trapping R Errors in rpy2在 rpy2 中捕获 R 错误
【发布时间】：2014-11-22 02:50:23
【问题描述】：

当我使用 RStudio 时，我可以在运行函数时看到任何错误或警告。

但是，当我使用 rpy2 时，如何捕获警告（允许代码运行）和错误（使代码停止），以便我可以在 python 中以编程方式解析消息？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

在 R-3.0（当前未发布）之前，警告默认打印到控制台。从 R-3-0 开始，它们不再被打印出来，因为 R 开发人员将以前使用的 C 函数隐藏了（并且忙于记录原因并告诉我们是否可以重新访问该函数）。

要将警告作为 rpy2 对象获取，您可以：

from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr('base')
# do things that generate R warnings
base.warnings()

评估 R 代码时发生的错误引发rpy2.rinterface.RRuntimeError。抓住那些。

【讨论】：

@lgautier 似乎并非所有 R 运行时错误都会生成rpy2.rinterface.RRuntimeErrors。我得到了以下>error: inv_sympd(): matrix appears to be singular >error: chol(): failed to converge terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error' >what(): chol(): failed to converge >Aborted (core dumped)，这让我完全退出了 Python。请注意，我正在运行的 R 代码位于 try/except 块中。
@DrMisha 这是一个旧答案，但无论如何，您在 R 中出现的错误似乎与 C++ 相关（从 std::runtime_error 可以看出）并且没有被 R 库正确捕获您正在使用。发生这种情况时，rpy2 几乎不可能正确处理错误，因为错误导致 R [转储核心](en.wikipedia.org/wiki/Core_dump)。希望这会有所帮助。