使用 scipy.io.savemat() 时超出最大递归深度答案

【问题标题】：Maximum recursion depth exceeded when using scipy.io.savemat()使用 scipy.io.savemat() 时超出最大递归深度
【发布时间】：2016-08-14 04:24:39
【问题描述】：

我正在尝试使用 scipy.io.savemat() 函数保存矩阵。但是，我收到以下错误：

RuntimeError: maximum recursion depth exceeded while calling a Python object

这是我得到的完整错误：

scipy.io.savemat('path/to/file.mat',dict__)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio.py", line 207, in savemat
    MW.put_variables(mdict)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py", line 876, in put_variables
    self._matrix_writer.write_top(var, asbytes(name), is_global)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py", line 626, in write_top
    self.write(arr)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py", line 655, in write
    self.write_cells(narr)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py", line 759, in write_cells
    self.write(el)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py", line 655, in write
    self.write_cells(narr)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py", line 759, in write_cells
    self.write(el)
.
.
.


File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py", line 759, in write_cells
    self.write(el)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py", line 655, in write
    self.write_cells(narr)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py", line 758, in write_cells
    for el in A:
  File "C:\Python27\lib\site-packages\numpy\matrixlib\defmatrix.py", line 316, in __getitem__
    out = N.ndarray.__getitem__(self, index)
  File "C:\Python27\lib\site-packages\numpy\matrixlib\defmatrix.py", line 292, in __array_finalize__
    if (isinstance(obj, matrix) and obj._getitem): return
RuntimeError: maximum recursion depth exceeded while calling a Python object

我尝试使用sys.setrecursionlimit(10000) 增加递归限制，但它没有改变任何东西。我也尝试了resource.setrlimit() 修复，但也没有用。

有人知道这里有什么问题或为什么会这样吗？有没有办法解决这个错误？在此先感谢您的帮助！

P.S：我在 Windows 和 Linux 上遇到此错误！

艾莉

【问题讨论】：

我的猜测是您在dict__ 中有一个循环引用。如果没有看到您的代码，很难更具体。请发布minimal reproducible example，我们可以运行它来重现此错误。
@PM2Ring 抱歉，但我不明白循环引用是什么意思？字典包含程序创建的变量和数组。在我将 2 个数组添加到该字典（195x195）之前，一切正常。感谢您的回复！
我无法发布代码示例，因为它是机密的，我无法使用另一个脚本重现此错误。感谢您的帮助！
循环引用是当你有像集合 A 包含集合 B 作为元素，但集合 B 也包含集合 A 作为元素时。或者你可以有一个更长的链，比如 A 包含 B 包含 C 包含 A。等等。
你总是可以use a debugger。在致电savemat 之前放置import pdb; pdb.set_trace()。然后单步执行代码。在 C:\Python27\lib\site-packages\scipy\io\matlab\mio5.py 第 655 行设置一个断点并调查为什么 self.write_cells(narr) 被无限调用（大概）。例如，使用p narr 打印narr 的值。检查那些narrs 是否符合您的期望。

标签： python python-2.7 recursion scipy runtime-error

【解决方案1】：

好吧，只是为了记录，问题的原因是dict__ 中的两个变量被转换为object（通常它们应该是float64）。当我尝试使用scipy.io.savemat() 将dict__ 保存在file.mat 中时，当变量的dtype 为object 时会发生上述错误。不过我不知道：

当保存的变量是object 时，为什么savemat() 会引发此特定错误
为什么 python 会自行将 float64 数组转换为 object

感谢大家的帮助，尤其是@unutbu 的调试提示！

【讨论】：

如果一个变量是一个列表，savemat 在保存之前将其转换为一个数组 (np.array(...))。如果列表的元素大小不同，则结果数组为dtype object。 savemat 将对象数组保存为 MATLAB 元胞数组。因此write_cells 中的错误。见：stackoverflow.com/questions/38960464/…
@hpaulj 我通过 dict__ 发送到 savemat 的变量只是数组，没有列表。